当就业协议失效后，它并不能被其他非正式的文件或口头约定所代替，真正能够明确毕业生与用人单位之间劳动关系中权利义务关系的，是劳动合同。

首先，我们需要明确就业协议和劳动合同的区别与联系：

1. 就业协议：

   • 它是毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面表现形式。
   • 主要发生在学生毕业之前，用于确定就业意向和相关权益，如违约金等。
   • 就业协议签订后，一旦学生毕业离校，学校将脱离三方关系，此时就业协议的主要作用已经完成。

2. 劳动合同：

   • 它是毕业生与用人单位明确劳动关系中权利义务关系的协议。
   • 涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体和明确。
   • 劳动合同是上岗毕业生从事何工种劳动的依据，具有法律效力。

从上述区别与联系中，我们可以看出：

• 就业协议主要发生在“婚前”（即学生毕业之前），用于确定就业意向；而劳动合同则发生在“婚后”（即学生毕业之后），用于明确劳动关系中的具体权利和义务。
• 就业协议一旦失效（如学生毕业离校后），它就不能再作为明确双方权利和义务的依据。此时，双方需要签订劳动合同来替代就业协议的作用。

因此，当就业协议失效后，毕业生和用人单位应该依法签订正式的劳动合同来明确双方的权利和义务。劳动合同是劳动关系中最重要的法律文件，它不仅能够保护毕业生的合法权益，也能够规范用人单位的行为，确保双方在劳动关系中的平等和公正。