在自然资源案件调查中，如果发现违法主体不对，是可以撤销立案并重新立案调查的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与程序要求
立案撤销的合法性：
- 根据相关法律法规，行政机关在立案调查后，如果发现案件事实与初步认定不符，特别是违法主体认定错误时，有权撤销原立案决定。这是行政机关依法行使职权、确保案件处理准确性的重要体现。
重新立案的必要性：
- 当发现违法主体错误时，原立案的基础已经动摇。为了维护法律的严肃性和公正性，必须撤销原立案，并针对正确的违法主体重新立案调查。这样可以确保案件处理的合法性和有效性。
程序要求：
- 撤销立案和重新立案都需要遵循法定的程序要求。行政机关应当制作撤销立案决定书，并说明撤销的理由和依据。同时，重新立案时也需要按照规定的程序进行，包括受理、审查、决定等环节。
实际操作中的注意事项
证据收集与固定：
- 在撤销立案和重新立案的过程中，行政机关应当注重证据的收集和固定。要确保有充分的证据证明原违法主体认定错误，以及新的违法主体确实存在违法行为。
权利保障：
- 在撤销立案和重新立案的过程中，行政机关应当保障当事人的合法权益。如果原立案决定已经对当事人产生了不利影响，如采取了强制措施等，行政机关应当及时采取措施予以纠正。
监督与救济：
- 当事人对撤销立案和重新立案的决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。这是当事人维护自身合法权益的重要途径。
可能的法律后果
对原违法主体的影响：
- 如果原违法主体并未实施违法行为，那么撤销立案将消除对其的不利影响，恢复其名誉和权益。
对新违法主体的处理：
- 重新立案后，行政机关将对新的违法主体进行调查处理。如果确认其存在违法行为，将依法给予相应的行政处罚或其他处理措施。
对行政机关的影响：
- 行政机关在撤销立案和重新立案的过程中，如果存在程序违法或实体错误等情况，可能会面临法律监督和责任追究。因此，行政机关应当严格依法行使职权，确保案件处理的合法性和有效性。
建议：在实际操作中，如果遇到自然资源案件调查中发现违法主体不对的情况，建议及时与上级行政机关或法律顾问沟通，确保撤销立案和重新立案的程序合法、证据充分。同时，也要注重保障当事人的合法权益，避免因程序不当或实体错误而引发不必要的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。