勘察设计单位超越资质承揽工程后，工程通常会被认定为无效合同，后续处理需根据工程实际情况分情况讨论，具体如下：

1. 工程未开工或刚开工
   若工程尚未实际施工或仅完成少量前期工作，建设单位（发包人）有权直接解除合同，并要求勘察设计单位（承包人）返还已支付的预付款或定金。此时因合同自始无效，双方需按过错比例分担因合同无效产生的损失（如筹备费用、设计资料费等）。例如，若勘察设计单位故意隐瞒资质不足，可能需承担70%以上的损失；若建设单位未尽审查义务，也可能承担部分责任。

2. 工程已完工或接近完工
   若工程已实际完成，需分两步处理：

   • 质量验收：由建设单位委托第三方机构对工程质量进行鉴定。若质量合格，建设单位仍需参照合同约定支付工程价款（但可主张扣除因资质不足导致的额外成本，如返工费用、监管罚款等）；若质量不合格，勘察设计单位需承担修复费用，若无法修复或修复后仍不合格，建设单位有权拒付工程款，并要求赔偿损失（如重建费用、工期延误损失等）。
     
   • 行政处罚：勘察设计单位可能面临建设行政主管部门的处罚，包括责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书，以及处合同价款1%-2%的罚款（依据《建设工程质量管理条例》第六十条）。

3. 涉及第三方权益（如施工方、材料供应商）
   若工程已进入施工阶段，施工方可能因勘察设计单位资质问题主张合同无效，要求建设单位直接支付工程款（突破合同相对性）。此时需结合《民法典》第七百九十三条处理：若建设单位明知或应知勘察设计单位无资质，可能需与勘察设计单位对施工方的债务承担连带责任；若建设单位无过错，则由勘察设计单位单独承担。

建议行动：

• 对建设单位：立即固定证据（如资质文件、合同、付款记录、质量鉴定报告），向行政主管部门举报勘察设计单位违法行为，同时评估是否继续使用工程（若质量合格可协商支付价款，若不合格需及时止损）。
  
• 对勘察设计单位：主动与建设单位协商补救措施（如补办资质、委托有资质单位复核设计），争取减少行政处罚和民事赔偿；若已收到行政处罚决定，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
  

如有具体案件细节（如资质等级、工程进度、损失金额等），可进一步向我咨询，我会结合《建筑法》《招标投标法》及地方性法规提供针对性方案。