工伤认定主体申请单位在全程笔录中使用简称，通常不会对工伤赔偿产生实质性影响。以下从多个角度为你详细分析：

法律程序角度

在工伤认定的法律程序中，关键在于认定的事实是否清楚、证据是否确凿以及程序是否合法。全程笔录中使用简称，只要该简称能够明确指向具体的单位，且在整个工伤认定过程中，该单位的身份、与受伤职工的关系等核心事实没有产生歧义或误解，那么就不会影响工伤认定的有效性和合法性。例如，如果单位全称为“XX市XX区XX有限公司”，在笔录中简称为“XX公司”，且在整个工伤认定材料中，该简称的使用是一致的，且能够清晰对应到具体单位，那么就不会对工伤赔偿造成影响。

证据效力角度

工伤认定所依据的证据需要具有真实性、合法性和关联性。全程笔录作为工伤认定的重要证据之一，其内容应当真实反映工伤事故的发生经过、受伤职工的受伤情况以及单位的相关情况等。如果笔录中使用简称，但该简称所代表的内容是真实、准确的，且与其他证据相互印证，那么就不会影响笔录的证据效力。例如，如果笔录中详细记录了工伤事故的发生时间、地点、原因以及受伤职工的伤情等关键信息，且这些信息与其他证据（如医疗证明、现场照片等）相互一致，那么即使笔录中使用的是简称，也不会影响工伤赔偿的认定。

实际操作角度

在实际操作中，如果工伤认定部门或相关机构对笔录中的简称存在疑问或需要进一步明确，他们通常会要求申请单位或受伤职工提供补充材料或进行说明。在这种情况下，只要申请单位或受伤职工能够及时、准确地提供相关信息，消除疑问或误解，那么就不会对工伤赔偿产生实质性影响。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况，如果简称的使用导致了单位身份的混淆或误解，且这种混淆或误解直接影响了工伤认定的结果或工伤赔偿的数额，那么可能会对工伤赔偿产生一定影响。但这种情况相对较少，且通常需要通过法律程序进行纠正和救济。

建议：

1. 确保简称的准确性和一致性：在工伤认定的全程笔录中，如果使用简称，应当确保该简称能够准确、清晰地指向具体单位，且在整个笔录中使用一致。
2. 及时提供补充材料或说明：如果工伤认定部门或相关机构对笔录中的简称存在疑问或需要进一步明确，应当及时提供补充材料或进行说明，以消除疑问或误解。
3. 咨询专业律师：如果在工伤认定或赔偿过程中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。