结论：公司法人不是股东的情况下，实际投资人能否申请营业执照和公章遗失，需视具体情况而定，但通常不能直接以自己名义申请，而应通过合法程序或授权进行。

详细分析：

1. 营业执照遗失的申请：

   • 一般原则：营业执照是公司合法经营的凭证，其遗失或损毁应由公司法定代表人或经其授权的人员向登记机关申请补领。
   • 实际投资人情况：若实际投资人并非公司股东或法定代表人，且未获得公司明确授权，则通常不能直接以自己名义申请补领营业执照。实际投资人应通过公司内部程序（如股东会决议、董事会决议等）获得授权，或由公司法定代表人出面申请。
   • 特殊情况：若实际投资人能够证明自己是公司的实际控制人，且该控制权已得到公司内部或相关方的认可，同时符合相关法律法规的规定，可能存在通过法律途径申请补领的例外情况。但这需要具体分析公司章程、股东协议等文件，以及相关法律法规的适用。

2. 公章遗失的申请：

   • 一般原则：公章是公司的重要法律文件签署工具，其遗失或损毁应由公司法定代表人或经其授权的人员向公安机关报案，并按照相关规定申请刻制新公章。
   • 实际投资人情况：与营业执照遗失类似，若实际投资人并非公司股东或法定代表人，且未获得公司明确授权，则不能直接以自己名义申请刻制新公章。实际投资人应通过公司内部程序获得授权，或由公司法定代表人出面处理。
   • 实际操作建议：在实际操作中，公司应尽快召开股东会或董事会，形成决议明确公章遗失的处理方式，并指定相关人员（如法定代表人或授权代表）负责向公安机关报案及申请刻制新公章。

法律建议：

• 完善公司治理结构：公司应建立健全的治理结构，明确股东、法定代表人、实际控制人等各方的权利和义务，避免在实际操作中出现权责不清的情况。
• 加强内部管理：公司应加强对营业执照、公章等重要物品的管理，建立严格的保管、使用和审批制度，防止遗失或被盗用。
• 及时咨询专业律师：若实际投资人遇到营业执照或公章遗失的情况，且不确定如何处理，应及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。

可能法律后果：

• 若实际投资人未经授权擅自申请补领营业执照或刻制新公章，可能构成违法行为，面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
• 若因营业执照或公章遗失导致公司遭受损失，相关责任人员（如保管不善的人员、未经授权擅自处理的人员等）可能需承担赔偿责任。

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