非法经营自卷烟案件中，必须查清的核心问题包括以下几点：

1. 经营行为的性质与范围
   需明确行为人是否以营利为目的，长期、持续从事自卷烟的生产、销售活动。例如，是否通过固定场所、网络平台或流动摊点批量销售，是否形成稳定的供销链条。若仅偶尔自制自用或少量赠送亲友，通常不构成非法经营罪，但需结合数量、频率综合判断。

2. 是否违反国家专卖制度
   根据《烟草专卖法》，烟草制品的生产、销售需取得专卖许可证。自卷烟虽可能使用合法烟丝，但未经许可的“二次加工”并销售，仍属于无证经营行为。需查清行为人是否具备烟草专卖生产企业许可证、批发或零售许可证，以及许可证范围是否覆盖自卷烟业务。

3. 经营数额与违法所得
   非法经营罪的入罪标准与经营数额直接相关。需查清：

   • 销售金额（已售出自卷烟的收入）；
     
   • 货值金额（未售出但可查实的库存价值）；
     
   • 违法所得（扣除成本后的实际获利）。
     根据司法解释，个人非法经营数额达5万元以上，或违法所得达2万元以上，即可追究刑事责任。

4. 主观明知与故意
   需证明行为人明知自卷烟销售需许可而故意违反。例如，是否曾因同类行为被处罚、是否规避监管（如使用虚假标识、隐蔽交易方式），或是否通过他人账户收款以掩盖资金流向。若行为人误以为自卷烟无需许可，可能因缺乏故意而不构成犯罪，但需结合具体证据判断。

5. 是否存在其他违法情节
   若案件伴随以下情形，可能加重处罚：

   • 销售假冒注册商标的自卷烟（侵犯知识产权）；
     
   • 使用劣质烟丝或添加有害物质（危害公共安全）；
     
   • 针对未成年人销售或组织未成年人参与经营（情节恶劣）。
     

实务建议：若涉及此类案件，建议从上述角度梳理证据，尤其关注经营记录、资金流水、许可证文件及证人证言。如有疑问，可直接向我咨询具体案件的定性或辩护策略。