保险公司理赔货物损失时扣除税费是否合理，需分情况讨论，关键在于保险合同条款的约定以及相关法律的规定。具体分析如下：

1. 若保险合同明确约定理赔时扣除税费
   根据《保险法》及《民法典》合同编的规定，保险合同是投保人与保险人约定保险权利义务关系的协议，双方应遵循意思自治原则。若合同中明确约定“理赔金额为货物实际损失扣除相应税费后的余额”，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如不构成免除保险人依法应承担的义务或加重投保人责任），则保险公司扣除税费的行为具有合同依据，属于合理范围。
   例如：货物损失价值为100万元，合同约定扣除13%的增值税（13万元），则保险公司赔付87万元，此约定若经投保人确认，通常有效。

2. 若保险合同未约定扣除税费，或约定不明确
   此时需结合《保险法》的损失补偿原则及行业惯例判断：

   • 损失补偿原则：保险赔偿应以弥补被保险人实际损失为限。若货物损失本身已包含税费（如货物含税价），且被保险人未通过其他途径（如税务退税）获得税费补偿，则保险公司扣除税费可能不合理，因其导致被保险人无法完全获赔实际损失。
     
   • 行业惯例：部分财产保险条款可能默认理赔金额为“不含税损失”，但若投保时保险公司未明确提示或说明，根据《保险法》第十七条，该条款可能不产生效力，被保险人有权主张按含税损失赔付。
     例如：货物含税价100万元，不含税价88.5万元，若合同未约定扣除税费，保险公司直接赔付88.5万元，可能因未完全补偿实际损失（100万元）而被认定为不合理。

3. 特殊情形：税费已通过其他途径补偿
   若被保险人已通过税务机关退税或获得第三方赔偿覆盖了税费部分，则保险公司扣除税费具有合理性，以避免被保险人因同一损失获得双重补偿，违反损失补偿原则。

建议行动：

• 核查保险合同中关于“理赔金额计算方式”“税费处理”的条款；
  
• 若合同无明确约定，可要求保险公司提供扣除税费的法律依据或行业惯例说明；
  
• 如协商无果，可依据《保险法》第三十条（不利解释原则）主张对格式条款作有利于被保险人的解释，或通过诉讼/仲裁解决争议。
  

如有进一步细节（如合同条款内容、货物类型等），可提供更多信息以便更精准分析。