核心结论：运输合同中发货人扣除保险费后发生货损，货损责任的承担需结合保险合同约定、运输合同条款以及货损发生原因综合判断，具体分以下几种情况。

1. 若保险合同合法有效且覆盖货损风险

• 保险公司承担赔偿责任：发货人扣除保险费后，若已按约定为货物投保（如购买运输保险），且货损属于保险责任范围（如自然灾害、意外事故等），则应由保险公司根据保单约定赔付。
• 发货人责任：若发货人未如实告知货物信息、未足额投保或保险合同存在免责条款（如故意隐瞒货物易损性），导致保险公司拒赔，发货人可能需对货损承担补充责任。

2. 若保险合同无效或未覆盖货损原因

• 运输方责任：根据《民法典》第八百三十二条，若货损因承运人过错导致（如运输工具故障、操作不当），承运人应承担赔偿责任，与是否扣除保险费无关。
• 发货人责任：若货损因发货人过错导致（如包装不当、货物本身缺陷），且保险未覆盖该风险，发货人需自行承担损失。
• 不可抗力免责：若货损由不可抗力（如地震、战争）导致，且保险未覆盖此类风险，双方可能按合同约定分担损失或免责。

3. 若发货人未实际投保但扣除保险费

• 发货人构成违约：发货人扣除保险费却未投保，属于未履行合同义务，需对货损承担全部赔偿责任，并可能退还多扣的保险费。
• 承运人责任：若承运人存在过错，仍需按过错比例承担责任，但发货人的欺诈行为可能加重其责任。

4. 运输合同中的特别约定

• 保价条款：若运输合同约定了保价条款（如按货物价值一定比例支付保价费），货损赔偿可能按保价金额计算，与保险无关。
• 免责条款：若合同约定承运人对特定风险免责（如易碎品破损不赔），且发货人接受该条款，则承运人可能不承担责任。

行动建议

1. 核查证据：保存运输合同、保险单、货损证明（如照片、鉴定报告）等材料。
2. 协商解决：优先与承运人、保险公司协商，明确责任主体和赔偿金额。
3. 法律途径：若协商无果，可依据合同约定向法院起诉或申请仲裁，要求责任方赔偿损失。

提示：运输合同纠纷涉及多方主体和复杂条款，建议根据具体案情进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。