在运输合同中，若甲方扣除了保险费，发生货损时责任承担需分情况讨论：

1. 若甲方已按约定购买足额保险且保险生效
   根据《保险法》及运输合同约定，货损应由保险公司按保险合同范围承担赔偿责任。此时甲方需提供保险单、缴费凭证等证据，证明已履行投保义务。若保险公司拒赔（如因免责条款），甲方需承担补充责任，但可向保险公司追偿。

2. 若甲方扣除保险费但未实际投保
   甲方构成违约，需对货损承担全部赔偿责任。根据《民法典》第八百三十二条，托运人（甲方）对货物毁损、灭失有过错的，应赔偿承运人（乙方）因此遭受的损失（反向适用逻辑）。若合同明确约定“甲方扣费即视为投保”，但甲方未履行投保义务，属于根本违约，需全额赔偿。

3. 若保险范围不足或存在免责事由
   例如货物属保险免赔范围（如易燃易爆品未如实申报），或货损系因乙方（承运人）故意/重大过失导致，则保险公司可能拒赔。此时需区分责任：

   • 若货损因乙方原因导致，乙方需按《民法典》第八百三十二条承担赔偿责任；
     
   • 若货损因不可抗力或甲方过错导致，甲方需自行承担损失（扣除保险费部分可能构成不当得利，需返还）。

4. 合同条款对责任分配有特殊约定时
   若运输合同明确约定“甲方扣费后货损由乙方承担”，需审查该条款效力：

   • 若乙方已签字确认且条款不违反法律强制性规定（如未免除甲方故意或重大过失责任），可能按约定执行；
     
   • 若条款显失公平（如甲方扣费但未明确投保义务），乙方可主张撤销或调整条款。

建议行动：

1. 立即核查保险单、缴费记录及保险合同条款，确认保险是否生效及覆盖范围；
   
2. 固定货损证据（如照片、检测报告、运输记录）；
   
3. 根据责任主体向保险公司、甲方或乙方主张赔偿；
   
4. 若协商无果，可依据《民事诉讼法》向法院起诉，同时申请财产保全防止责任方转移资产。
   

提示：运输合同纠纷常涉及保险法、合同法、民法典多部法律交叉，具体责任需结合合同条款、投保情况、货损原因综合判定。如有进一步证据或细节，可直接向我咨询具体方案。