结论：程序违法导致仲裁裁决被撤销时，仲裁费一般不予退还。但具体是否退还及退还比例，需结合仲裁机构的规定、案件实际情况及撤销原因综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、仲裁费的性质与支付原则
仲裁费是当事人为获得仲裁服务而支付的费用，其本质是仲裁机构提供服务的报酬。根据《中华人民共和国仲裁法》及相关规定，仲裁费用原则上由败诉方承担，但具体承担方式可能因仲裁规则或双方约定而有所不同。仲裁机构一旦受理案件并开展审理工作，即使裁决被撤销，其服务已实际发生，仲裁费通常不予退还。
二、程序违法撤销裁决的特殊性
若仲裁裁决因程序违法（如仲裁庭组成违法、审理过程违法、裁决作出不符合规定等）被撤销，仲裁机构的服务并未因程序违法而完全无效。仲裁机构仍投入了人力、物力进行案件审理，且程序违法并不直接等同于仲裁机构未提供服务。因此，从维护仲裁秩序和避免当事人滥用撤销权的角度出发，仲裁费一般不予退还。
三、仲裁机构的具体规定
不同仲裁机构对仲裁费退还的规定可能存在差异。例如：
- 中国国际经济贸易仲裁委员会：若当事人在仲裁庭组成前撤回申请，仲裁委员会将按照仲裁费用表的规定退还部分费用；若在仲裁庭组成后撤回，则根据实际情况决定是否退还及退还金额。但程序违法导致裁决被撤销的情形，通常不适用撤回申请的退费规则。
- 北京仲裁委员会：若当事人在仲裁庭组成前撤回申请，仲裁委员会将退回预收仲裁费用的50%，但已发生的实际费用（如仲裁员报酬、差旅费等）不予退回；若在仲裁庭组成后至第一次开庭前撤回，则酌情退回部分预收费用；若在第一次开庭后撤回，则已收取的费用不予退回。同样，程序违法撤销裁决的情形不直接适用此规则。
特殊情况：若仲裁机构自身存在严重过错（如故意违反法定程序），导致裁决被撤销，当事人可能有机会要求仲裁机构退还部分或全部仲裁费。但此类情况极为罕见，且需通过法律途径主张。
四、当事人的权利与救济
- 申请撤销裁决：当事人若认为仲裁裁决存在程序违法等法定情形，可在收到裁决书之日起六个月内向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。但撤销裁决本身并不直接导致仲裁费退还。
- 主张损失赔偿：若因程序违法导致当事人遭受额外损失（如律师费、差旅费等），当事人可尝试在撤销裁决的诉讼中一并主张赔偿。但仲裁费本身通常不被视为可赔偿的损失。
五、实务建议
- 提前了解仲裁规则：在签订仲裁协议或选择仲裁机构时，当事人应仔细阅读仲裁机构的仲裁规则，特别是关于仲裁费退还的规定，以避免后续纠纷。
- 谨慎行使撤销权：申请撤销仲裁裁决需承担举证责任，且时间限制严格（六个月）。当事人应充分评估撤销的可行性和必要性，避免因滥用撤销权而承担不必要的法律后果。
- 保留证据：若认为仲裁程序存在违法情形，当事人应及时收集并保留相关证据（如仲裁庭组成文件、审理记录等），以便在申请撤销裁决时提供支持。
总结：程序违法导致仲裁裁决被撤销时，仲裁费一般不予退还。但具体是否退还及退还比例，需结合仲裁机构的规定、案件实际情况及撤销原因综合判断。当事人若对此有疑问或需进一步主张权利，可直接向我咨询。