轻微伤住院花了5000元，最终要赔偿多少并不能直接确定，需根据伤者的实际损失、赔偿项目的合理性以及双方在事故中的具体情况进行综合评估。以下是从不同角度的详细分析：

一、赔偿项目及计算方式

轻微伤住院赔偿通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住院伙食补助费、营养费等项目。具体计算方式如下：

1. 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明确定。需确保费用与治疗本次伤害直接相关，非必要或过度治疗部分可能不被支持。

2. 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间由医疗机构出具证明；有固定收入的按实际减少的收入计算；无固定收入的参照最近三年平均收入或同行业上一年度职工平均工资计算。

   • 计算公式：误工费 = 误工时间 × 每日收入
   • 示例：若受害人月收入5000元，误工1个月，则误工费为5000元。

3. 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。护理人员有收入的参照误工费计算；无收入或雇佣护工的参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准。

   • 计算公式：护理费 = 护理天数 × 每日护理费
   • 示例：若护工日薪200元，护理10天，则护理费为2000元。

4. 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或转院治疗实际发生的合理费用计算。需提供正式票据，且与就医地点、时间等相符。

5. 住院伙食补助费：参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准。

   • 示例：若标准为每日100元，住院10天，则补助费为1000元。

6. 营养费：根据受害人伤残情况参照医疗机构的意见确定。需有医嘱或鉴定结论支持。

二、5000元赔偿的合理性评估

1. 可能合理的情况：

   • 若轻微伤对受害者影响较小，治疗简单且快速恢复，但涉及多项赔偿项目（如医疗费、误工费、交通费等），累计金额可能达到或接近5000元，此时赔偿是合理的。
   • 若双方在平等自愿基础上达成5000元的赔偿协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，也是合理的。

2. 可能不合理的情况：

   • 若轻微伤的实际损失远低于5000元，例如仅产生几百元医疗费，且无其他实质性损失，则5000元的赔偿要求不合理。
   • 若存在不当因素，如加害方认为受害方故意夸大损失、威胁或敲诈勒索，使得赔偿金额远超合理范围，则5000元的赔偿要求同样不合理。

三、综合考虑因素

1. 责任比例：在确定赔偿金额时，还需考虑双方在事故中的责任比例。如果受害方也有一定责任，那么赔偿金额可能会相应减少。

2. 协商与调解：鼓励双方通过友好协商或法律途径（如调解、诉讼）来解决赔偿争议。在协商或调解过程中，可以充分考虑上述赔偿项目和计算方式，以确保赔偿结果的合法性和合理性。

四、建议与行动

1. 收集证据：包括医疗费用单据、病历、诊断证明、收入证明、护理人员收入证明、交通票据等，以支持自己的赔偿请求。

2. 咨询专业意见：在协商或调解过程中，如果遇到复杂情况或难以确定赔偿金额，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

3. 考虑法律途径：如果协商或调解不成，可以考虑向人民法院提起民事诉讼，通过法律途径来解决赔偿争议。

最终结论：轻微伤住院花了5000元，最终要赔偿多少并不能直接确定，而是需要根据伤者的实际损失、赔偿项目的合理性以及双方在事故中的具体情况进行综合评估。在具体案件中，建议双方保持沟通，通过协商或法律途径来确定合理的赔偿金额。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。