可以同时进行信访申请督办和起诉，二者并不冲突，但需注意不同程序的特点和衔接问题。以下从不同角度为你详细分析：

从法律程序独立性角度

信访申请督办和民事诉讼（起诉）是两种不同的权利救济途径，它们在法律上有各自的程序和规定，相互之间并不排斥。

• 信访申请督办：信访是公民、法人或者其他组织采用书信、电子邮件、传真、电话、走访等形式，向各级人民政府、县级以上人民政府工作部门反映情况，提出建议、意见或者投诉请求，依法由有关行政机关处理的活动。信访申请督办则是在信访事项处理过程中，信访人对处理结果不满意或者认为处理过程存在问题，向上级信访部门或者相关机关申请督促办理的行为。它主要是对行政机关处理信访事项的监督和推动，不涉及对具体法律争议的实体审理。
• 起诉：起诉是公民、法人或者其他组织认为自己的合法权益受到侵害，依法向人民法院提起诉讼，请求法院对争议事项进行审理并作出裁判的行为。起诉是基于民事法律关系或者刑事法律关系等，通过司法程序来解决纠纷、维护权益。

例如，你与某公司存在合同纠纷，你认为公司在合同履行过程中存在违约行为，你可以一方面向相关行政部门进行信访，反映公司违约的情况并申请督办，要求行政部门对公司进行调查和处理；另一方面，你也可以向人民法院提起民事诉讼，要求法院判决公司承担违约责任，赔偿你的损失。

从实际操作角度

虽然二者可以同时进行，但在实际操作中需要注意一些问题，以确保两种途径都能有效发挥作用。

• 证据收集和保存：无论是信访申请督办还是起诉，都需要有充分的证据来支持你的主张。在合同纠纷的例子中，你需要收集和保存好合同文本、双方往来的函件、付款凭证、交货凭证等证据，以便在信访和诉讼中都能提供有力的支持。
• 程序衔接：如果信访申请督办的结果对诉讼有影响，你需要及时将相关情况告知法院。例如，如果行政部门在督办过程中认定公司存在违法行为并作出了行政处罚决定，你可以将该处罚决定作为证据提交给法院，以支持你的诉讼请求。同样，如果法院在诉讼过程中作出了判决，你也需要及时将判决结果告知信访部门，以便信访部门了解情况并作出相应的处理。
• 避免程序冲突：在同时进行信访申请督办和起诉时，要注意避免两种程序之间的冲突。例如，不要在信访材料中发表与诉讼主张相矛盾的言论，以免影响诉讼的效果。

从时间成本和效果角度

同时进行信访申请督办和起诉可能会增加一定的时间成本，但也可能带来更好的效果。

• 时间成本：信访申请督办和起诉都需要一定的时间来处理。信访事项的处理时间可能因情况而异，有的可能需要几个月甚至更长时间才能得到结果；而诉讼程序也有严格的期限规定，从立案到审判再到执行，可能需要较长的时间。因此，同时进行两种程序可能会让你花费更多的时间和精力。
• 效果方面：信访申请督办可以通过行政机关的介入，促使公司尽快解决问题，具有一定的灵活性和效率性；而起诉则可以通过司法程序，对争议事项进行全面的审理和裁判，具有更强的权威性和确定性。如果两种程序都能顺利进行，可能会更有效地维护你的合法权益。

如果你在信访申请督办和起诉过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供详细、专业的解答。