非法经营案件中涉及代理人佣金的计算，需结合具体案情、法律规定及司法实践综合判断，核心在于佣金是否属于违法所得及如何认定其金额。以下从不同角度展开分析：

1. 佣金是否属于违法所得的认定

• 法律定性：根据《刑法》第六十四条及《关于办理非法从事资金支付结算业务、非法买卖外汇刑事案件适用法律若干问题的解释》等相关规定，违法所得是指通过实施违法行为直接或间接取得、占有的财产性利益。若代理人佣金系通过非法经营行为（如无证经营、超范围经营等）获取，则属于违法所得范畴，依法应予追缴或没收。
• 例外情形：若代理人能证明佣金来源合法（如与非法经营行为无直接关联的合法业务收入），或佣金已用于退赔被害人损失，可能不被认定为违法所得。

2. 佣金金额的计算方法

• 直接证据法：以书面合同、转账记录、发票等直接证据载明的佣金金额为准。例如，代理人与非法经营者签订的代理协议中明确约定佣金比例为交易金额的5%，且实际按此比例支付，则佣金金额=交易金额×5%。
• 推定计算法：在直接证据缺失或不足时，可结合行业惯例、交易习惯、证人证言等间接证据推定佣金金额。例如，同类业务中代理人通常收取交易金额的3%-8%作为佣金，且非法经营者与代理人存在长期合作关系，可推定佣金比例在此范围内。
• 扣除成本法：若代理人能证明为获取佣金支付了合理成本（如差旅费、推广费等），可在计算违法所得时予以扣除。但需注意，成本支出需与非法经营行为直接相关，且具有合理性。

3. 司法实践中的考量因素

• 主观明知程度：若代理人明知或应知非法经营行为仍参与并获取佣金，其佣金金额可能被全额认定为违法所得；若代理人因被欺骗或误信合法而参与，可能酌情减轻责任。
• 作用地位：代理人在非法经营中的角色（如主犯、从犯）可能影响佣金金额的认定。从犯的佣金金额可能按主犯违法所得的一定比例计算。
• 退赔情况：若代理人已主动退赔部分或全部佣金，可能在量刑时作为从轻情节考虑，但不影响违法所得的最终认定。

4. 风险提示与建议

• 合规经营：企业或个人应避免参与无证经营、超范围经营等非法行为，防止因佣金问题陷入法律风险。
• 证据保留：若涉及佣金支付，应保留完整书面合同、转账记录等证据，以备查验。
• 主动退赔：若已获取非法佣金，建议主动退赔并配合调查，争取从轻处理。

如有具体案情或疑问，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。