销售代理合同纠纷中佣金的计算，需根据合同约定、行业惯例及法律规定综合判断，具体分以下情况处理：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已明确约定佣金计算方式（如按销售额比例、固定金额、阶梯式提成等），原则上应按合同执行。例如：合同约定“按销售额的5%支付佣金”，则直接以实际销售额乘以5%计算。
   例外情形：若约定条款显失公平（如佣金比例畸高或畸低）、存在欺诈或胁迫，或违反法律强制性规定（如佣金超过法定上限），可主张调整或撤销条款。

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未明确佣金标准，可参考以下规则：

   • 行业惯例：如房地产、保险等行业通常有公开的佣金比例，可主张按行业平均水平计算；
     
   • 实际履行情况：若双方此前有多次交易且佣金比例一致，可主张按过往交易习惯计算；
     
   • 公平原则：根据代理人的劳动投入、市场行情、委托人收益等因素，由法院或仲裁机构酌情判定合理佣金比例。

3. 争议焦点：佣金支付条件是否成就
   即使合同约定了佣金比例，委托人可能以“未达成销售目标”“客户未实际付款”等理由拒付佣金。此时需审查：

   • 合同是否将“客户付款”或“销售目标”设为佣金支付前提；
     
   • 代理人是否已完成合同约定的主要义务（如促成交易、提供服务等）；
     
   • 拒付理由是否合理（如客户违约是否可归责于代理人）。
     示例：若合同约定“客户签合同后支付50%佣金，回款后支付剩余50%”，则代理人需证明客户已签合同且委托人已收到款项。

4. 法律限制：佣金上限
   部分行业对佣金比例有法定限制（如《保险法》规定保险代理人佣金不得超过保费的一定比例）。若合同约定超过法定上限，超出部分可能无效。

建议行动：

• 优先核对合同条款，明确佣金计算方式及支付条件；
  
• 收集交易证据（如合同、销售记录、沟通记录等）；
  
• 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，主张佣金及可能的违约金/利息。
  

如有具体合同或纠纷细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况分析。