结论：出租车司机因生病退车是否需要扣违约金，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同中有明确约定：
- 如果租赁合同中明确规定了因司机个人原因（包括生病）退车需要支付违约金，那么司机在退车时就需要按照合同约定支付违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
合同中无明确约定：
- 如果租赁合同中没有明确规定因生病退车需要支付违约金，那么司机在退车时可能不需要支付违约金，或者双方可以协商确定是否支付及支付多少。
- 建议：在这种情况下，司机可以与出租车公司或车主进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
二、法律法规的考量
不可抗力或情势变更：
- 如果司机的生病情况严重到构成不可抗力或情势变更，导致无法继续履行合同，那么司机可能可以依据相关法律法规免除或部分免除违约责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于不可抗力和情势变更的规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。法律另有规定的，依照其规定。合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。
公平原则：
- 即使合同中有约定违约金，但如果违约金数额过高或过低，与实际损失不符，法院或仲裁机构也可能根据公平原则进行调整。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于违约金调整的规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
三、实际操作建议
审查合同：
- 司机应首先仔细审查租赁合同，了解合同中关于退车和违约金的具体约定。
与对方协商：
- 如果合同中有不利于自己的条款，或者生病情况严重，司机可以与出租车公司或车主进行协商，寻求更合理的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，或者对方坚持要求支付高额违约金，司机可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：出租车司机因生病退车是否需要扣违约金，取决于租赁合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。在处理此类纠纷时，建议司机首先审查合同，与对方协商，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。