公司一般不能随意将员工的加班调休清零，但具体是否可以清零，需根据公司的规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律法规角度
根据《劳动法》及相关规定，劳动者在休息日加班的，用人单位应当安排补休；不能安排补休的，应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，加班调休是劳动者的合法权益，公司不能随意剥夺。如果公司未经劳动者同意，擅自将加班调休清零，可能构成违法行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
公司规章制度角度
虽然法律法规保护劳动者的加班调休权益，但公司内部规章制度也可能对加班调休有具体规定。如果公司的规章制度明确规定了加班调休的清零条件（如未在一定期限内使用则自动清零），且该规章制度已经过民主程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能在一定程度上有权按照规章制度执行。然而，即便如此，公司也应当尊重劳动者的知情权，提前告知劳动者相关规章制度，并给予劳动者合理的使用调休的时间。
实际操作建议
查看公司规章制度：首先，劳动者应当查看公司的规章制度，了解公司对加班调休的具体规定。如果规章制度中存在不合理的清零条款，劳动者可以向公司提出异议，并要求公司修改。
与公司协商：如果公司确实需要清零加班调休（如因经营需要等特殊情况），劳动者可以与公司进行协商，争取获得合理的补偿或安排其他形式的休息。
保留证据：劳动者应当保留好加班记录、调休申请等相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：如果公司未经劳动者同意擅自清零加班调休，且协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，寻求法律帮助。
总结来说，公司不能随意将员工的加班调休清零。如果公司确实需要清零加班调休，应当遵循法律法规和公司规章制度的规定，并尊重劳动者的合法权益。劳动者在面对公司的不合理行为时，应当积极维护自己的权益，必要时寻求法律帮助。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。