结论：没有房产证但有商住土地出让合同的情况下，能否办理营业执照不能一概而论，需分情况讨论。具体分析如下：

1. 若土地出让合同明确约定土地用途为商住且允许商业经营，且能提供其他辅助证明材料
   根据《市场主体登记管理条例》及实施细则，办理营业执照需提交“住所使用证明”。若土地出让合同中明确载明土地用途包含商业经营（如“商住综合用地”），且合同条款允许在该土地上从事经营活动，此时可尝试以土地出让合同作为权属证明，结合其他材料（如规划许可证、建设工程规划验收合格证、物业证明等）证明经营场所的合法性。部分地区市场监管部门可能接受此类组合材料，但需提前与当地登记机关确认具体要求。

2. 若土地出让合同未明确允许商业经营，或土地实际用途与规划不符
   若合同仅约定土地用途为“住宅”或未明确包含商业功能，或实际建设情况与规划许可不一致（如将住宅改为商铺），则可能因“经营场所不符合规划用途”被登记机关拒绝。此时需先通过规划部门变更土地用途或取得规划许可变更文件，或与土地出让方协商补充合同条款，明确商业经营权限后再申请营业执照。

3. 特殊情形：土地出让合同与房产证缺失的关联性
   若土地出让合同合法有效，但因开发商未履行报建手续、未通过竣工验收等原因导致无法办理房产证，此时经营场所的权属可能存在瑕疵。登记机关可能要求提供“竣工验收备案表”“消防验收合格证”等材料证明场所安全性，或要求开发商出具书面说明承诺配合办理房产证。若无法提供，可能面临登记障碍。

建议行动步骤：

1. 携带土地出让合同原件至当地市场监管部门窗口咨询，确认是否接受该合同作为住所证明；
   
2. 若不接受，补充规划许可证、建设工程规划验收合格证等材料，或申请规划用途变更；
   
3. 若土地用途存在争议，可委托律师核查合同条款及土地规划档案，评估法律风险后再申请登记。
   

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