两个公司被合并计税的法律依据主要来源于企业所得税法及其相关规定，具体分析如下：

1. 企业所得税法的一般规定：

   • 根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，企业在进行重组、合并等交易时，其税务处理需遵循相关税法规定。合并计税通常涉及企业所得税的汇算清缴、资产转让的税务处理等方面。

2. 合并计税的具体法律依据：

   • 特殊性税务处理：在符合一定条件的情况下，企业合并可以享受特殊性税务处理，即合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定，从而避免或延迟确认资产转让所得或损失，实现合并计税的优惠。这一规定主要依据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）等相关文件。
   • 一般性税务处理：若不符合特殊性税务处理的条件，企业合并则需按照一般性税务处理进行，即合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础，并确认资产转让所得或损失，进行合并计税。这一处理方式同样遵循企业所得税法及其相关实施条例的规定。

3. 合并计税的实务操作：

   • 在实务操作中，两个公司合并计税需首先确定合并类型（如吸收合并、新设合并等），然后根据合并类型及税法规定选择合适的税务处理方式。
   • 合并双方需准备详细的合并方案、资产评估报告、税务筹划报告等文件，以支持其税务处理方式的合理性及合规性。
   • 合并过程中还需注意税务申报、税款缴纳等实务操作，确保合并计税的顺利进行。

4. 合并计税的法律后果：

   • 正确的合并计税方式可以降低企业的税务负担，提高企业的经济效益。
   • 若合并计税方式选择不当或操作不合规，则可能面临税务风险，如被税务机关调整计税基础、补缴税款及滞纳金等。

建议：

• 在进行公司合并时，建议咨询专业税务律师或税务师，以确保合并计税方式的合规性及最优性。
• 合并双方应充分了解税法规定及实务操作要求，制定详细的合并方案及税务筹划报告，以降低税务风险并提高合并效率。

如有任何关于公司合并计税的具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。