若申请执行后被执行人主动履行，申请人可按以下步骤处理，法院也会依法终止执行程序：

1. 确认履行内容与执行依据一致
   被执行人主动履行时，需核对履行内容（如金额、行为、标的物等）是否与生效法律文书（判决书、调解书等）及执行申请内容完全一致。若存在差异（如部分履行、履行方式不符），应及时与被执行人沟通修正，或通过法院协调确认，避免后续争议。

2. 向法院提交《结案申请书》或书面说明
   申请人需主动联系执行法院，提交书面材料说明被执行人已履行完毕，并附上履行凭证（如转账记录、交付凭证、和解协议等）。法院审核后，会出具《执行结案通知书》，正式终止执行程序，并解除对被执行人的财产查封、冻结、限制高消费等强制措施。

3. 注意履行凭证的留存与公证
   建议对履行过程进行留痕（如要求被执行人出具书面履行确认书、通过银行转账备注“履行XX案号债务”等）。若涉及大额财产或复杂履行（如房屋过户、股权变更），可申请法院或公证机构介入监督，确保履行合法有效，避免后续因证据不足引发纠纷。

4. 特殊情形处理

   • 分期履行或部分履行：若被执行人仅履行部分义务，申请人可与对方签订《执行和解协议》，明确剩余债务的履行期限、方式及违约责任。协议需经法院确认后生效，若被执行人未按协议履行，申请人可申请恢复原生效法律文书的执行。
     
   • 履行后发现隐匿财产：若被执行人在履行后被发现仍有未申报的财产，申请人可依据《民事诉讼法》第264条，向法院申请恢复执行，并追究被执行人拒不履行判决的法律责任（如罚款、拘留，甚至刑事责任）。

温馨提示：执行程序终止后，若被执行人未主动申请解除强制措施（如解冻账户、撤销限高），申请人可协助向法院提交解除申请，确保被执行人权益及时恢复。如有其他疑问，欢迎随时向我咨询。