发现有小三且有证据的情况下，一般不能直接申请刑事立案，但可以视情况通过民事途径维权或向公安机关控告特定罪名。具体分析如下：

1. 民事侵权角度
   若掌握配偶与第三者同居、重婚等证据，可依据《民法典》第1079条、第1091条，以“重婚或与他人同居”为由起诉离婚，并主张离婚损害赔偿。此时证据需证明双方存在持续、稳定共同生活关系（如聊天记录、亲密照片、证人证言等），但此过程属于民事诉讼，不涉及刑事立案。

2. 刑事控告角度
   仅当第三者行为涉嫌犯罪时，可向公安机关申请刑事立案：

   • 重婚罪：若第三者明知对方有配偶仍与之以夫妻名义共同生活（如举办婚礼、共同生育子女、以配偶名义签署文件等），可依据《刑法》第258条控告重婚罪。此时需提供双方公开以夫妻名义生活的证据（如邻居证言、社区登记记录等）。
     
   • 其他罪名：若第三者通过欺诈、胁迫等手段介入婚姻，或涉及转移、隐匿夫妻共同财产等违法行为，可依据具体罪名（如诈骗罪、侵占罪）控告，但需符合对应罪名的构成要件。

3. 证据要求与风险提示

   • 证据需合法取得：通过偷拍、窃听等侵犯隐私手段获取的证据可能被认定为非法证据，不予采信。
     
   • 证据充分性：民事诉讼中证据需达到“高度可能性”标准，刑事控告中证据需达到“排除合理怀疑”标准，否则可能面临立案困难。
     
   • 诉讼策略建议：建议先通过律师函警告、协商谈判等方式解决，若对方拒不配合再启动法律程序，以降低维权成本。

行动建议：

1. 整理现有证据（如聊天记录、照片、视频等），评估证据合法性与证明力；
   
2. 明确维权目标（离婚赔偿/刑事控告），选择对应法律途径；
   
3. 委托律师协助取证、起草法律文书，提高诉讼成功率。
   

如有进一步疑问或需具体方案，可直接向我咨询。