以合法流转的土地承包经营权做抵押，在符合法定条件的情况下是有效的。具体分析如下：

1. 法律依据
   根据《民法典》第三百九十九条及《农村土地承包法》第四十七条、第五十三条，经依法登记取得权属证书的土地承包经营权（包括家庭承包方式取得的土地经营权，以及通过招标、拍卖、公开协商等方式承包的“四荒地”经营权），可以依法设立抵押。

   • 家庭承包的土地经营权抵押需满足：
     
     • 已取得土地承包经营权证或林权证等权属证明；
       
     • 需经发包方（村集体）书面同意（部分地区试点政策可能放宽此要求）；
       
     • 抵押期限不得超过承包期的剩余期限。
       
   • “四荒地”等通过其他方式承包的土地经营权抵押，通常无需发包方同意，但需符合流转合同约定。

2. 合法流转的前提条件
   若土地承包经营权已通过合法方式流转（如转包、出租、互换、转让等），抵押有效性需满足：

   • 流转程序合法：流转需签订书面合同，并报发包方备案（家庭承包方式流转时）；
     
   • 权属清晰：流转后的经营权已依法登记或可依法登记；
     
   • 无权利限制：土地未被查封、扣押，或流转合同未禁止抵押。
     例如：若甲将家庭承包的土地经营权流转给乙，乙需取得权属证明后，方可自行抵押；若流转合同明确禁止抵押，则乙的抵押行为无效。

3. 抵押登记的效力
   根据《民法典》第四百零二条，以土地承包经营权抵押的，应当向不动产登记机构办理抵押登记，抵押权自登记时设立。未登记的，不得对抗善意第三人。
   实践提示：部分地区可能要求抵押双方共同申请登记，并提交权属证明、流转合同、发包方同意材料（如需）等文件。

4. 风险提示

   • 若土地承包经营权存在权属争议、未依法登记或流转程序违法，抵押可能被认定无效；
     
   • 抵押权实现时，受让人需符合农业经营主体资格（如为农户或农业企业）；
     
   • 地方政策可能对抵押条件有特殊规定（如试点地区允许“流转+抵押”一站式服务），需结合当地规定操作。

建议：若您拟以土地承包经营权设立抵押，建议先核实权属证明、流转合同及地方政策，并依法办理抵押登记。如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步向我说明细节。