结论：入职签合同时被告知身份证有问题过不了系统，有可能与以前的案底有关，但也可能存在其他原因。以下从不同角度为你详细分析：

一、与以前案底有关的情况

1. 背景调查与合规要求：

   • 许多企业在招聘过程中会进行背景调查，以确保应聘者的身份信息真实有效，且无违法犯罪记录（特别是对于某些敏感岗位或需要高度信任的职位）。
   • 如果你的身份证信息在公安系统中与犯罪记录相关联，企业可能会因此拒绝你的入职申请，或者以“身份证有问题过不了系统”为由进行解释（尽管这种解释可能不够直接或明确）。

2. 法律法规限制：

   • 根据相关法律法规，某些行业或岗位对从业人员的背景有特定要求。例如，金融行业、教育行业等可能要求从业人员无犯罪记录。
   • 如果你的案底涉及这些受限行业或岗位，企业可能会因此无法为你办理入职手续。

二、与其他原因有关的情况

1. 身份证信息错误或过期：

   • 你的身份证信息可能存在错误（如姓名、身份证号码、出生日期等与实际情况不符），或者身份证已经过期，导致无法通过企业的系统验证。
   • 这种情况下，企业会以“身份证有问题”为由拒绝你的入职申请，但与案底无关。

2. 系统故障或技术问题：

   • 企业的招聘系统或背景调查系统可能存在故障或技术问题，导致无法正确验证你的身份证信息。
   • 这种情况下，企业可能会误以为你的身份证有问题，而实际上问题出在系统本身。

3. 企业政策或内部规定：

   • 某些企业可能有自己的招聘政策或内部规定，对身份证信息的验证有特定要求或标准。
   • 如果你的身份证信息不符合这些要求或标准，企业可能会以“身份证有问题”为由拒绝你的入职申请。

三、建议与行动

1. 核实身份证信息：

   • 首先，你可以核实自己的身份证信息是否准确无误，且未过期。如果发现问题，及时到公安机关进行更正或补办。

2. 了解企业政策：

   • 尝试与企业沟通，了解他们拒绝你入职的具体原因。如果是因为案底问题，你可以询问是否有其他岗位或机会可供选择；如果是因为其他原因，你可以根据具体情况进行解释或申诉。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果你认为企业的拒绝行为存在歧视或不公平对待，你可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。

4. 关注个人信用与背景：

   • 在日常生活中，注意维护自己的个人信用和背景。避免违法犯罪行为，以免对未来的就业和生活造成不良影响。

最后，如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于经济纠纷、合同纠纷领域的专业律师，我会尽力为你提供全面、准确的法律解答和建议。