公司对员工违章罚款的处理，确实是一个需要谨慎对待的问题，它涉及到法律法规的遵循、员工权益的保护以及公司管理的合规性。以下是我为您详细梳理的处理建议：
一、明确罚款的合法性边界
首先，公司必须明确，根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司并不具备直接对员工进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种手段，而公司并非行政机关，因此无权直接实施罚款。若员工因重大过失或主观故意给公司造成直接经济损失，公司可以依据劳动合同的约定要求其赔偿，但赔偿的扣除需遵循一定限制，即不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、规范公司规章制度中的“罚款”措施
如果公司的规章制度中规定了“罚款”措施，那么这些规定必须经过民主程序制定，并且已经向员工进行了公示。这样的“罚款”实质上可能是违约金或赔偿金的一种形式，但必须在劳动合同中有明确约定，且金额和程序需合法合规。公司应确保这些规定不违反国家法律法规和政策，避免因此引发劳动争议。
三、建立合规的处理流程
了解与核实：当公司认为员工存在违章行为时，应首先进行详细的调查和核实，确保事实清楚、证据确凿。
沟通协商：在决定对员工进行经济处罚前，公司应与员工进行充分的沟通协商，听取员工的解释和看法，尝试寻求双方都能接受的解决方案。
书面通知：如果公司决定依据规章制度对员工进行经济处罚，应向员工发送书面通知，详细说明处罚原因、依据及金额。通知应明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。
规范入账：公司应按照财务制度规范将罚款入账，确保财务记录的准确性和合法性。
四、保护员工权益，应对员工维权
提供申诉渠道：公司应为员工提供申诉渠道，允许员工对罚款决定提出异议或申诉。公司应认真对待员工的申诉，并进行公正、客观的调查和处理。
积极应对劳动仲裁或诉讼：如果员工对公司罚款行为提出异议或提起劳动仲裁、诉讼，公司应积极应对，提供相关证据支持自己的立场。如果公司确实存在过错或不当行为，应勇于承担责任，包括返还不合理罚款和经济赔偿。
五、加强合规管理与培训
制定合法规章制度：公司在制定人力资源管理、收入分配管理、生产经营管理等制度时，应确保内容合法合规，不违反国家法律法规和政策。
加强员工培训：公司应定期对员工进行法律法规和公司规章制度的培训，提高员工的法律意识和合规意识，减少违章行为的发生。
综上所述，公司在处理员工违章罚款问题时，必须严格遵守法律法规，确保员工的合法权益不受侵犯。同时，公司也应加强自身的合规管理，通过制定合法规章制度、规范处理流程、保护员工权益等措施，营造一个和谐、稳定、合规的工作环境。