当施工单位与下游承包人因工程款项结算不清发生纠纷时，行业主管部门可以采取以下措施来处理和协调：

1. 组织调解：

   • 行业主管部门可以主动介入，组织双方进行调解。调解过程中，主管部门可以依据相关法律法规、行业规范以及合同条款，帮助双方理清结算争议点，提出合理的解决方案，促使双方达成和解。

2. 提供专业指导：

   • 主管部门可以邀请行业内的专家或资深人士，为双方提供专业的结算指导。这些专家可以根据工程实际情况、市场行情以及相关法律法规，对结算金额进行合理评估，为双方提供参考依据。

3. 监督合同履行：

   • 主管部门可以监督双方合同的履行情况，确保双方按照合同约定进行结算。如果发现一方存在违约行为，主管部门可以依法进行处罚，并督促其履行合同义务。

4. 建立纠纷解决机制：

   • 行业主管部门可以推动建立行业内的纠纷解决机制，如设立专门的纠纷调解委员会或仲裁机构，为双方提供快速、有效的纠纷解决途径。这些机制可以依据行业特点和实际需求，制定专门的调解或仲裁规则，提高纠纷解决的效率和公正性。

5. 加强行业监管：

   • 主管部门应加强对施工单位的资质审核和日常监管，确保施工单位具备相应的施工能力和信誉。同时，对下游承包人的选择也应进行严格把关，避免因承包人资质不足或信誉不佳而引发的结算纠纷。

6. 宣传法律法规：

   • 行业主管部门可以通过举办培训班、发放宣传资料等方式，加强对相关法律法规的宣传和教育。提高双方对法律法规的认知度，增强其依法结算的意识，从源头上减少结算纠纷的发生。

在处理这类纠纷时，行业主管部门应保持中立和公正，依法依规进行调解和监督，确保双方的合法权益得到保障。如果双方无法达成和解，主管部门可以引导其通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。我是专业律师，如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。