结论：工程项目合同中约定乙方未按时完成工期，超时一天处罚500元，这一条款本身并不违法，但其合法性及具体效力需结合合同整体内容、双方约定及实际履行情况等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权自由约定合同的内容，包括违约责任。因此，双方在合同中约定工期延误的违约金或罚款条款，是合同自由原则的体现，原则上应受法律保护。

2. 违约金合理性：

   • 虽然合同可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果约定的违约金（如本题中的每天500元）过高或过低，违约方可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少或增加。
   • 判断标准：通常，法院或仲裁机构会考虑违约造成的实际损失、合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等因素，综合判断违约金的合理性。如果每天500元的罚款显著高于因工期延误给甲方造成的实际损失，那么该条款可能被视为不合理，从而面临被调整的风险。

3. 合同条款的明确性：

   • 合同条款应当明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。如果合同中仅简单约定“超时一天处罚500元”，而未明确处罚的性质（是违约金还是罚款）、计算方式（是否累计计算、是否有上限等）以及支付方式等，那么在实际履行过程中可能引发争议。

4. 实际履行与合同约定的关系：

   • 即使合同中约定了工期延误的违约金或罚款条款，但如果乙方能够证明工期延误是由于不可抗力、甲方原因或其他非乙方过错导致的，那么乙方可能免除或部分免除违约责任。
   • 举例：如果因天气原因导致工程无法按时进行，且该天气原因属于不可抗力范畴，那么乙方可能无需承担工期延误的违约责任。

5. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果乙方确实存在工期延误的违约行为，且该违约行为无法免除或部分免除责任，那么乙方可能需要按照合同约定支付违约金或罚款。但如果违约金过高或过低，双方可以协商调整；协商不成的，可以诉诸法院或仲裁机构。
   • 建议：在签订工程项目合同时，双方应充分考虑工期延误的可能性和后果，合理约定违约金或罚款条款。同时，建议明确约定违约金的计算方式、支付方式以及免责情形等，以减少争议和纠纷的发生。如果在实际履行过程中发生争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。

总结：工程项目合同中约定工期延误的违约金或罚款条款本身并不违法，但其合法性及具体效力需结合多方面因素综合判断。在签订和履行合同时，双方应充分考虑各种因素，合理约定条款内容，以减少争议和纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。