企业老板在留置期间交款后的处理方式需根据款项性质、案件阶段及法律规定综合判断，具体如下：

1. 若款项为“退赃款”或“违法所得”
   根据《监察法》第四十六条及《刑法》第六十四条，监察机关或司法机关可依法追缴违法所得。若企业老板在留置期间主动退缴赃款，该款项通常会被依法没收并上缴国库。

   • 对案件的影响：退赃行为可能被认定为“认罪认罚”或“积极配合调查”的表现，根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，可能成为从轻、减轻处罚的情节（如减少基准刑的30%以下）。
     
   • 程序要求：需通过监察机关或公安机关的指定账户退缴，并保留转账凭证、退缴说明等证据，以便后续量刑时主张从宽处理。

2. 若款项为“保证金”或“暂扣款”

   • 保证金：若留置措施已转为刑事强制措施（如逮捕），企业老板或家属可能被要求缴纳保证金以申请取保候审。此时，保证金需符合《刑事诉讼法》第七十二条规定的条件（如可能判处轻刑、无社会危险性等），且需由公安机关指定账户收取。
     
   • 暂扣款：若款项被暂扣用于调查关联财产（如企业账户资金），需根据《监察法》第二十五条或《刑事诉讼法》第一百四十四条，由监察机关或公安机关出具合法手续，并在调查结束后依法处理（如返还合法部分、没收违法部分）。

3. 若款项涉及企业合法财产
   若企业老板被留置期间，企业合法财产被错误查封、扣押或冻结，可根据《国家赔偿法》第十八条申请国家赔偿。需满足以下条件：

   • 财产被依法采取强制措施后，因无罪或证据不足撤销案件；
     
   • 财产损失与违法行使职权直接相关。
     程序建议：在案件终结后6个月内，向作出强制措施的机关提出赔偿申请，或直接向法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。

4. 后续法律程序的关键点

   • 证据固定：无论款项性质如何，务必要求收款机关出具书面凭证（如退缴收据、保证金票据、暂扣清单），并注明款项用途、金额及案件关联信息。
     
   • 量刑协商：若案件进入审查起诉阶段，可依据《刑事诉讼法》第一百七十三条，与检察机关沟通退赃对量刑的影响，争取适用缓刑或更轻刑罚。
     
   • 财产处置：若企业因老板被留置陷入经营困难，可依据《公司法》及破产法相关规定，申请企业破产重整或寻求临时管理人介入，避免财产进一步流失。

温馨提示：留置期间的款项处理涉及监察程序与刑事程序的衔接，建议企业老板或家属在交款前咨询律师，明确款项性质及法律后果，避免因程序瑕疵影响案件结果或企业权益。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将结合证据材料提供针对性建议。