关于在长江几公里以内建厂房的处罚问题，这主要涉及到对长江河道管理范围内建设活动的合规性判断及其相应的法律后果。
首先，需要明确的是，在长江河道管理范围内违规建设厂房是违法的。这一行为违反了《中华人民共和国水法》第三十七条和《中华人民共和国防洪法》第二十二条的相关规定，这些法律明确禁止在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物、构筑物，以及从事影响河势稳定、危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动。同时，《中华人民共和国长江保护法》第二十五条也强调了长江流域县级以上地方人民政府对河道、湖泊管理范围的划定和保护责任，禁止非法侵占河湖水域。
对于具体的处罚措施，虽然直接的“几公里以内”的处罚标准可能因地区和具体情况而异，但一般来说，违规在长江河道管理范围内建设厂房会面临以下后果：
行政处罚：相关行政主管部门会对违规建设项目进行立案调查，并可能根据违规的严重程度，处以罚款、责令停止建设、限期拆除等行政处罚。例如，在江苏省扬中市经济开发区厂房侵占长江河道案中，违规建设的1.83万平方米建筑物、构筑物就被全部拆除。
生态修复责任：除了行政处罚外，违规建设者还可能需要承担生态修复的责任。这包括恢复河道原状、种植植被、建设生态护岸等措施，以消除对长江生态环境的影响。在扬中市的案例中，拆除违规建筑后，当地政府就投资了3296万元进行生态修复。
刑事责任：如果违规建设行为造成了严重的后果，如重大安全事故或环境污染等，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。不过，这通常需要违规行为达到一定的严重程度，并构成相应的犯罪。
总结来说，在长江河道管理范围内违规建设厂房是违法的，会面临行政处罚、生态修复责任以及可能的刑事责任。具体的处罚措施会根据违规的严重程度、造成的后果以及相关法律法规的规定来确定。因此，建议任何单位或个人在长江河道管理范围内进行建设活动前，都应先了解并遵守相关法律法规的规定，以避免不必要的法律风险和后果。