针对工厂内部少批多建房屋的处罚问题，这主要涉及到城乡规划与土地管理方面的法律法规，具体处罚措施会根据违法情节的严重程度以及相关法律法规的规定来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、违法性质与处罚依据
违法性质：
- 少批多建，即实际建设的房屋面积或规模超出了批准的范围，这属于未经批准擅自改变土地用途或超占土地进行建设的行为，违反了城乡规划和土地管理的相关法律法规。
处罚依据：
- 主要依据《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。这些法律对违法建设的处罚有明确规定，包括责令停止建设、限期改正、罚款、没收违法所得、没收实物或违法工程、拆除等。
二、具体处罚措施
责令停止建设与限期改正：
- 城乡规划主管部门或土地管理部门在发现少批多建行为后，会首先责令建设单位停止建设，并要求其在一定期限内改正，即补办相关手续或拆除超建部分。
罚款：
- 如果建设单位未在规定期限内改正，或者违法情节较为严重，城乡规划主管部门或土地管理部门会对其处以罚款。罚款的数额会根据违法建设的面积、规模、性质以及造成的后果等因素来确定。
- 罚款计算公式（示例，具体需根据地方规定）：罚款金额 = 违法建设面积 × 单位面积罚款标准。其中，单位面积罚款标准由地方人民政府根据当地经济发展水平、土地价值等因素制定。
没收违法所得与实物：
- 在某些情况下，如果建设单位通过少批多建获得了违法所得（如出租、出售超建部分的房屋所得），城乡规划主管部门或土地管理部门会没收这些违法所得。
- 同时，对于超建部分的房屋或工程，如果无法补办相关手续或拆除后会影响整体结构安全，可能会被没收为国有。
拆除：
- 对于严重违反城乡规划或土地管理法律法规的少批多建行为，城乡规划主管部门或土地管理部门会责令建设单位自行拆除超建部分。如果建设单位拒不拆除，相关部门会依法组织强制拆除。
三、特殊情况与考虑因素
历史遗留问题：
- 如果少批多建的行为发生在较早之前，且当时的相关法律法规对此类行为的处罚规定不明确或较轻，那么在处理时可能会考虑历史遗留因素，采取相对宽松的处理方式。
社会影响与公共利益：
- 在处理少批多建行为时，还会考虑其行为对社会的影响以及是否损害了公共利益。如果超建部分对周边环境、交通、安全等造成了严重影响，或者损害了大多数人的利益，那么处罚可能会更加严厉。
四、建议与措施
及时补办手续：
- 如果工厂确实存在少批多建的情况，建议尽快与相关部门沟通，了解补办手续的具体要求和流程，并尽快办理，以避免更严重的法律后果。
咨询专业律师：
- 在处理此类问题时，由于涉及到复杂的法律法规和行政程序，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。不过，在这里你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。
加强内部管理：
- 工厂应加强内部管理，确保在未来的建设活动中严格遵守相关法律法规和审批程序，避免类似问题的再次发生。
综上所述，工厂内部少批多建房屋的处罚措施会根据违法情节的严重程度以及相关法律法规的规定来确定，包括责令停止建设、限期改正、罚款、没收违法所得与实物以及拆除等。在处理此类问题时，建议工厂及时与相关部门沟通并咨询专业律师的意见。