企业借员工年休假扣发效益考核奖的行为，一般是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：
一、年休假与工资福利的法律关系
根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，职工在年休假期间，享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，年休假是职工的法定权利，企业应当保障职工在年休假期间获得正常的工资待遇。效益考核奖作为工资的一部分，如果其发放与职工的工作表现、业绩等挂钩，并且职工在年休假前已经完成了相应的工作任务或达到了考核标准，那么企业扣发效益考核奖就缺乏合法依据。
二、企业扣发效益考核奖的合法性分析
合同约定：如果企业与职工在劳动合同中明确约定了效益考核奖的发放条件，并且这些条件不违反法律法规的强制性规定，那么企业可以按照合同约定执行。但是，如果合同中没有明确约定年休假期间扣发效益考核奖，或者约定违反了法律法规的强制性规定，那么企业的扣发行为就是违法的。
规章制度：企业内部的规章制度也是判断扣发行为合法性的重要依据。如果企业的规章制度中明确规定了年休假期间扣发效益考核奖，并且这些规章制度经过了民主程序制定、公示或告知了职工，且不违反法律法规的强制性规定，那么企业可以按照规章制度执行。然而，在现实中，很多企业的规章制度可能并未明确规定这一点，或者规定本身就存在违法之处。
公平合理原则：即使企业与职工在合同或规章制度中约定了年休假期间扣发效益考核奖，也需要考虑这一约定是否公平合理。如果扣发行为导致职工在年休假期间的收入大幅下降，甚至低于正常工作期间的最低工资标准，那么这一约定就可能被视为不公平、不合理，从而失去法律效力。
三、法律后果与建议
如果企业借员工年休假扣发效益考核奖，职工可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发被扣发的效益考核奖，并可能获得相应的经济补偿。为了避免此类纠纷的发生，建议企业：
完善合同与规章制度：在劳动合同和规章制度中明确效益考核奖的发放条件、标准以及年休假期间的工资待遇等事项，确保这些约定合法、公平、合理。
加强沟通与解释：在扣发效益考核奖前，与职工进行充分沟通，解释扣发的原因和依据，争取职工的理解和支持。
遵守法律法规：严格遵守《职工带薪年休假条例》及相关法律法规的规定，保障职工的合法权益。
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