在非法经营罪中，继续追缴违法所得的计算主要依据实际违法所得数额，同时结合案件具体情况综合判定，具体计算方式如下：

1. 以实际获利金额为基准
   违法所得的核心是行为人通过非法经营活动实际获取的利润。计算时需扣除合法成本（如原材料采购、设备折旧等），但需注意：

   • 若成本中包含非法部分（如虚开发票、偷逃税款等），则不能扣除；
     
   • 若行为人未建立合法账目，司法机关可能通过审计、鉴定或推算（如根据销售额与行业平均利润率估算）确定违法所得。
     

2. 考虑“违法所得”与“非法经营数额”的区别

   • 非法经营数额通常指全部经营收入（包括成本），而违法所得仅指净利润；
     
   • 例如：行为人非法销售药品收入100万元，成本60万元，则违法所得为40万元（需进一步核实成本合法性）。
     

3. 特殊情形下的计算规则

   • 多次违法经营：累计计算各次违法所得，但已受行政处罚的部分可能不再重复追缴；
     
   • 共同犯罪：按各行为人实际分得的违法所得追缴，或根据参与程度划分责任；
     
   • 未遂或中止：若未实际获利，可能不追缴违法所得，但可能处罚金。
     

4. 追缴与退赔的衔接

   • 若违法所得已用于退赔被害人损失，追缴时可能扣除已退赔部分；
     
   • 若违法所得被转移或隐匿，司法机关可依法查封、扣押、冻结相关财产，并拍卖、变卖后追缴。
     

实务建议：

• 行为人应主动配合司法机关提供完整账目，避免因账目不清被推定更高违法所得；
  
• 若对违法所得计算有异议，可申请审计或委托专业机构鉴定，并在刑事诉讼中提出辩护意见。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合证据材料进一步解答。