针对您提出的“员工长期病假工资低，劳动仲裁经济补偿金怎么算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、经济补偿金的一般计算标准

首先，我们需要明确经济补偿金的基本计算方式。根据《劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的。具体来说：

• 每满一年工作，支付一个月工资的经济补偿；
• 六个月以上不满一年的，按一年计算，即支付一个月工资；
• 不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。但需要注意的是，如果病假期间的工资收入非正常（即低于正常工作期间的工资），则这部分非正常工资通常不计入此平均工资内。

二、特殊情形下的月工资限制

如果劳动者的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的标准将按照此三倍的数额来支付。同时，最高支付年限不超过十二年。这是为了防止高薪员工获得过高的经济补偿。

三、因医疗期问题解除劳动合同的特别规定

1. 医疗期的定义与长度：

   • 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得解除劳动合同的时限。其长度根据职工的实际参加工作年限和在本单位的工作年限来确定。

2. 经济补偿金与医疗补助费：

   • 当医疗期届满后，如果用人单位决定解除劳动合同，那么除了按照《劳动合同法》第四十七条支付经济补偿金外，还需要根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第六条的规定，支付不低于六个月工资的医疗补助费。
   • 对于患重病或绝症的劳动者，医疗补助费应相应增加。增加部分不低于医疗补助费的50%或100%，具体比例可能因地区而异。

3. 地方性法规的补充：

   • 某些地区如江苏省等，可能有地方性法规对医疗补助费有更高或更具体的规定。用人单位在操作时需遵循当地最严格的法律规定。

四、病假工资的发放标准

在病假期间，职工的病假工资是根据其连续工龄和医疗期内停工治疗的时间长短来按比例计发的。但无论如何，病假工资最低不得低于当地最低工资标准的80%。这是保障职工基本生活需要的最低标准。

五、特殊情况下的法律责任

如果用人单位在劳动者医疗期内违法解除劳动合同，那么劳动者有权要求用人单位支付双倍的经济补偿金作为赔偿。这是为了惩罚用人单位的违法行为，并保护劳动者的合法权益。

六、综合建议

长期病假经济补偿金的计算是一个复杂且细致的过程，涉及多个法律条款和具体规定。因此，在实际操作中，我建议您和用人单位都寻求专业法律人士的帮助，以确保权益得到妥善保护。同时，用人单位应建立健全的劳动管理制度，明确病假处理流程和经济补偿标准，以避免潜在的法律风险。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。