结论：土地使用面积大于确权面积且一直履行的情况是否合法，需结合具体情况判断，包括土地来源、用途、审批手续以及当地政策等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 土地来源与审批手续

• 合法来源：若土地是通过合法途径取得（如出让、划拨、转让等），且已办理相关审批手续（如土地使用权证、规划许可证等），即使实际使用面积大于确权面积，也可能因历史原因或测量误差被认定为合法。但需注意，超出审批范围的部分可能面临补缴土地出让金、罚款或被收回的风险。
• 非法来源：若土地是通过非法手段取得（如侵占、私自开垦等），则无论使用面积是否大于确权面积，均属于违法行为，可能面临行政处罚（如罚款、没收土地）甚至刑事责任。

2. 土地用途与规划

• 符合规划：若土地使用符合当地土地利用总体规划和城乡规划，且未改变土地用途（如农业用地转为建设用地），则超出确权面积的部分可能通过补办手续或调整规划被合法化。
• 违反规划：若土地使用违反规划（如未经批准建设房屋、改变土地用途等），则超出确权面积的部分属于违法用地，可能面临强制拆除、罚款等后果。

3. 当地政策与历史遗留问题

• 政策允许：部分地区可能出台政策，允许在一定条件下对历史遗留的土地面积问题进行处理（如补办手续、调整确权面积等）。此时，超出确权面积的部分可能被认定为合法。
• 历史遗留问题：若土地使用问题属于历史遗留问题（如因测量技术落后导致确权面积不准确），且长期履行未引发纠纷，可能通过协商、调解或行政程序被合法化。

4. 法律后果与建议

• 法律后果：若土地使用面积大于确权面积且未依法处理，可能面临以下后果：
  • 行政处罚：如罚款、没收土地、强制拆除等；
  • 民事纠纷：如与相邻权人发生纠纷，可能承担赔偿责任；
  • 刑事责任：若涉及非法占用农用地等犯罪行为，可能被追究刑事责任。
• 建议：
  • 核查手续：首先核查土地来源、审批手续及规划文件，确认是否合法；
  • 咨询当地部门：向当地自然资源部门或规划部门咨询政策，了解是否可以补办手续或调整确权面积；
  • 协商处理：若涉及相邻权纠纷，可尝试通过协商、调解解决；
  • 法律途径：若无法协商解决，可依法提起行政复议或行政诉讼，维护合法权益。

5. 特殊情况

• 农村宅基地：在农村宅基地中，因“一户一宅”原则及面积标准限制，超出确权面积的部分可能面临被收回或调整的风险。但部分地区可能允许通过缴纳有偿使用费等方式合法化。
• 集体建设用地：集体建设用地超出确权面积的部分，需经集体经济组织同意并报相关部门批准，否则可能被认定为违法用地。

总结：土地使用面积大于确权面积且一直履行是否合法，需结合土地来源、审批手续、规划用途及当地政策等因素综合判断。建议您尽快核查相关手续，咨询当地部门，并根据具体情况采取补办手续、协商处理或法律途径等措施，以避免潜在的法律风险。如有进一步问题，可直接向我咨询。