当您在农村承包土地合同的履行期间发现土地面积与合同约定不符时，您可以按照以下步骤来处理这一问题：
一、明确面积不符的原因
首先，您需要判断面积不符是由于测量误差造成的，还是由于一方故意为之。这一步骤对于后续的处理方式至关重要。
二、测量误差情况的处理
重新测量：如果双方均认为可能是测量误差导致的面积不符，可以共同到现场重新测量土地，确保测量结果的准确性。
修正合同面积：根据新的测量结果，双方应协商对合同中的面积进行修正，并签订补充协议。补充协议应明确写明实际面积以及双方围绕这块土地的权利和义务，如土地的使用方式、承包费用等。
执行补充协议：双方按照补充协议的内容继续履行合同，确保各自的权益得到保障。
三、一方故意情况的处理
要求变更合同：如果发现是一方故意少计或多计面积，受损害的一方有权要求变更合同，确保合同面积与实际面积相符。
协商解决：双方应首先尝试通过协商的方式解决争议，寻求一个双方都能接受的解决方案。
法律途径：如果协商无果，受损害的一方可以选择通过法律途径来维护自己的权益。在诉讼过程中，需要准备充分的证据，如土地实际边界的标识、之前的测量记录等，以证明实际面积与合同约定不一致。法院会根据这些事实和证据来判断是否支持变更合同面积的诉求。
主张赔偿：如果存在欺诈等恶劣情形，受损害的一方不仅有权主张撤销合同，还可以要求过错方赔偿自己因此遭受的损失。
四、其他注意事项
查看合同条款：在处理面积不符的问题时，还应查看合同中是否有关于面积误差处理的约定。如果有约定，应按照约定执行。
申请调解：如果双方无法协商达成一致，可以考虑向当地的土地管理部门申请调解，或者直接向人民法院提起诉讼，由法院依据事实和法律作出裁判。
综上所述，当您发现农村承包土地合同的面积与约定不符时，应首先明确原因，然后根据具体情况通过协商、重新测量、签订补充协议或法律途径等方式来解决问题。在整个过程中，确保自己的权益得到妥善维护。