结论：只有集体土地使用权证而没有建设工程许可证的房屋，是否会被拆除不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
集体土地使用权证：这是证明土地使用者对集体土地享有使用权的法律凭证。在集体土地上建造房屋，原则上需要符合土地利用总体规划和城乡规划，并依法办理相关审批手续。
建设工程许可证：这是进行工程建设前，必须依法向相关部门申请并获得的许可证件。它确保了工程建设的合法性和合规性，是房屋合法建造的重要依据。
二、可能的情况分析
合法建造但未办理建设工程许可证：
- 如果房屋是在符合土地利用总体规划和城乡规划的前提下建造的，且土地使用者已经取得了集体土地使用权证，但因各种原因未办理建设工程许可证，这种情况下，房屋本身可能并不违法，但未办理许可证可能面临行政处罚，如罚款、责令补办手续等，一般不会直接导致房屋被拆除。然而，如果房屋存在安全隐患或严重影响城乡规划，相关部门仍有可能要求拆除。
违法建造且未办理建设工程许可证：
- 如果房屋是在违反土地利用总体规划或城乡规划的情况下建造的，且土地使用者未取得建设工程许可证，这种情况下，房屋属于违法建筑。根据相关法律法规，违法建筑可能面临被责令限期拆除、罚款等行政处罚。如果房屋严重违反规划或存在安全隐患，且无法通过补办手续等方式合法化，那么房屋被拆除的可能性较大。
三、法律建议
核实房屋建造的合法性：
- 土地使用者应首先核实房屋建造是否符合土地利用总体规划和城乡规划，以及是否已取得必要的审批手续。如果房屋建造合法但未办理建设工程许可证，应尽快向相关部门申请补办手续。
咨询专业律师：
- 如果房屋建造存在违法情况或面临拆除风险，土地使用者应及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，并寻求法律帮助以维护自身合法权益。不过，作为饶振宇律师，我也可以直接为你提供这方面的法律咨询。
积极配合相关部门工作：
- 如果房屋确实存在违法情况或面临拆除风险，土地使用者应积极配合相关部门的工作，按照要求进行整改或拆除，以避免更严重的法律后果。
四、可能的法律后果
- 如果房屋被认定为违法建筑且无法合法化，土地使用者可能面临房屋被拆除、罚款等行政处罚。
- 如果土地使用者拒不配合相关部门的工作或阻碍执法，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任等。
总结：只有集体土地使用权证而没有建设工程许可证的房屋是否会被拆除，取决于房屋建造的合法性以及是否符合相关规划要求。如果房屋建造合法但未办理许可证，应尽快补办手续；如果房屋建造违法且无法合法化，则可能面临被拆除的风险。在任何情况下，土地使用者都应积极配合相关部门的工作并寻求法律帮助以维护自身合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。