在司法委托鉴定中，若鉴定机构使用标准不当，通常可以采取以下处理措施：

1. 提出异议并要求重新鉴定：

   • 法律依据：根据《司法鉴定程序通则》等相关规定，当事人对鉴定意见有异议的，可以在规定期限内向委托人（通常是法院或仲裁机构）提出，并要求鉴定机构进行解释、说明或者补充。若认为鉴定机构使用标准不当，严重影响鉴定意见的公正性和准确性，可以明确提出异议，并请求委托人组织重新鉴定。
   • 实际操作：在提出异议时，应详细阐述鉴定机构使用标准不当的具体情形，如使用了错误的标准、标准适用范围不当、标准更新未采用等，并提供相关证据或理由支持自己的观点。

2. 申请专家辅助人参与鉴定过程：

   • 法律依据：在诉讼或仲裁过程中，当事人可以申请具有专门知识的人（即专家辅助人）出庭，就鉴定意见中的专业问题提出意见。
   • 实际操作：若对鉴定机构使用的标准有疑问，可以申请专家辅助人参与鉴定过程，对鉴定机构使用的标准进行审查，并在必要时提出专业意见，以协助委托人判断鉴定意见的合理性。

3. 向司法行政部门投诉或举报：

   • 法律依据：司法行政部门负责司法鉴定机构的登记、名册编制和公告，以及对司法鉴定机构和司法鉴定人的监督管理。若认为鉴定机构使用标准不当，违反了相关法律法规或行业规范，可以向司法行政部门投诉或举报。
   • 实际操作：在投诉或举报时，应提供详细的证据材料，包括鉴定意见书、鉴定过程记录、相关标准文件等，以证明鉴定机构使用标准不当的事实。司法行政部门将依法进行调查处理，并根据调查结果采取相应的监管措施。

4. 寻求法律救济：

   • 法律依据：若因鉴定机构使用标准不当导致鉴定意见错误，进而影响了案件的公正处理，当事人可以依法寻求法律救济，如申请再审、提起上诉等。
   • 实际操作：在寻求法律救济时，应详细阐述鉴定机构使用标准不当对案件处理的影响，并提供相关证据材料支持自己的观点。法院或仲裁机构将依法对案件进行重新审理或裁决。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 及时行动：一旦发现鉴定机构使用标准不当，应尽快采取行动，以免错过提出异议、申请重新鉴定或寻求法律救济的时机。
• 保留证据：在处理过程中，应妥善保留所有与鉴定意见相关的证据材料，包括鉴定意见书、鉴定过程记录、相关标准文件等，以备不时之需。
• 咨询专业律师：虽然此处我作为裴育律师已经给出了一些建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律指导。

希望以上解答能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。