若司法鉴定适用标准错误但不影响评定结果，通常不会仅因标准适用错误而直接否定整个鉴定意见，但需根据具体情况采取不同处理方式，具体如下：
从程序合法性角度
- 提出异议并申请重新鉴定或补充鉴定：即便评定结果未受影响，鉴定适用标准错误仍属于程序瑕疵。根据《司法鉴定程序通则》等相关规定，当事人有权对鉴定程序中的问题提出异议。你可以向委托鉴定的办案机关（如法院、检察院等）提出书面异议，详细指出鉴定适用标准错误的具体情况，并申请重新鉴定或者补充鉴定。例如，在人身损害伤残等级鉴定中，本应适用某一新标准，但鉴定机构却适用了旧标准，不过得出的伤残等级评定结果与按照新标准评定可能一致。此时，你就可以向法院提出异议，要求鉴定机构说明未适用新标准的理由，并申请重新鉴定或者补充鉴定，以保障程序的合法性和公正性。
- 要求鉴定机构书面说明情况：你可以要求鉴定机构就适用标准错误的问题作出书面说明，解释为何错误适用标准却未影响评定结果。这有助于进一步了解鉴定机构的鉴定思路和依据，同时也为后续可能的争议解决提供材料。如果鉴定机构能够给出合理、充分的说明，且办案机关认可该说明，那么该鉴定意见仍可能被采信；但如果鉴定机构无法给出合理说明，或者办案机关认为该程序瑕疵可能影响鉴定意见的公正性和准确性，那么就可能会启动重新鉴定或补充鉴定程序。
从实体结果审查角度
- 自行委托专业人士审查：你可以自行委托其他具有相关专业知识和经验的专家或鉴定机构，对原鉴定意见进行审查和评估。这些专业人士可以从专业角度分析原鉴定适用标准错误是否真的不影响评定结果，以及是否存在其他潜在问题。例如，在工程质量鉴定中，原鉴定机构适用了错误的标准，你可以委托其他权威的工程质量鉴定机构对原鉴定意见进行复核。如果复核结果显示原鉴定意见确实存在其他问题，或者虽然评定结果不受影响，但错误适用标准可能导致对某些关键因素的考量不全面，那么你就可以将这些复核意见作为证据，向办案机关提出，以争取对案件更有利的结果。
- 在诉讼中提出抗辩：如果该鉴定意见将在诉讼中被作为证据使用，你可以在诉讼过程中，将鉴定适用标准错误的问题作为抗辩理由提出。你可以通过质证的方式，向法庭指出原鉴定意见存在的问题，并提供相关的证据和依据，如正确的适用标准、专业人士的审查意见等，以说服法庭不采信该鉴定意见或者降低其证明力。例如，在知识产权侵权鉴定中，原鉴定机构适用了错误的标准，你可以在法庭上详细阐述正确标准的内容和适用范围，以及错误标准可能导致的鉴定偏差，从而争取法庭对侵权认定采取更谨慎的态度。