针对您提出的“司法行政部门发现司法鉴定机构鉴定报告适用国标错误并做出鉴定报告应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
当司法行政部门发现司法鉴定机构在鉴定过程中适用了错误的国标，并据此做出了鉴定报告时，这确实是一个需要严肃对待的问题。因为鉴定报告的准确性直接关系到司法公正和当事人的合法权益。针对这种情况，可以采取以下措施进行处理：
一、申请重新鉴定
取得法官支持：首先，需要向法院提出重新鉴定的申请，并围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由。这包括但不限于指出原鉴定报告中适用的国标错误，以及这种错误如何影响了鉴定结论的准确性。
搜集证据：在申请重新鉴定的过程中，应尽量搜集能够证明原鉴定报告存在错误的证据。这些证据可以包括相关的国标文件、专业机构的意见、专家证言等。
二、向司法行政机关投诉反映
投诉渠道：如果发现司法鉴定机构存在违法违纪行为，如故意适用错误的国标进行鉴定，可以向省级司法行政部门进行投诉。
调查处理：司法行政部门在接到投诉后，会对其违法行为进行调查和处理。这可能包括要求司法鉴定机构撤销违法的鉴定结论，或者对司法鉴定机构进行行政处罚。
三、主动搜集其他证据以推翻鉴定结论
搜集否定证据：如果能够搜集到有关否定检材真实、完整、充分、合法的证据，那么原鉴定意见就会失去基础，不能作为定案证据。
综合判断：在搜集证据的过程中，应综合考虑各种因素，包括鉴定机构的资质、鉴定人的专业能力、鉴定程序的合法性等，以形成对原鉴定结论的全面判断。
四、审查与追责
审查鉴定过程：司法行政部门在处理此类问题时，应详细审查司法鉴定机构的鉴定过程，包括是否遵循了正确的鉴定标准、是否执行了必要的鉴定程序等。
追责机制：如果查明司法鉴定人存在违规操作或故意适用错误国标的行为，应依法对其进行追责，包括行政处罚、行业禁入等措施。
综上所述，当司法行政部门发现司法鉴定机构鉴定报告适用国标错误并做出鉴定报告时，应通过申请重新鉴定、向司法行政机关投诉反映、主动搜集其他证据以推翻鉴定结论以及审查与追责等措施来处理。这些措施旨在确保司法鉴定的准确性和公正性，维护当事人的合法权益和司法公正。