在民事案件中，自己委托的鉴定机构原则上应当是在司法鉴定机构名册中的机构，但并非绝对，需分情况讨论：

1. 司法鉴定机构名册的效力
   根据《司法鉴定程序通则》及相关规定，司法鉴定机构需经省级司法行政机关审核登记，并编入名册后，方可接受委托从事司法鉴定业务。名册内的机构具备法定资质，其鉴定意见通常更容易被法院采信。因此，若希望鉴定意见直接作为证据使用，优先选择名册内的机构，可降低程序风险。

2. 非名册机构鉴定的效力
   法律并未完全禁止当事人委托名册外的机构进行鉴定。若名册内机构无法满足鉴定需求（如技术领域特殊），或当事人能证明名册外机构具备同等资质、技术条件及公信力，法院可能酌情采信其鉴定意见。但需注意：

   • 需提供机构资质证明、鉴定人资格证明等材料；
     
   • 对方可能以“程序瑕疵”质疑鉴定意见的合法性，需提前准备反驳证据；
     
   • 法院可能要求鉴定人出庭接受质询，或启动补充鉴定、重新鉴定程序。

3. 实务建议

   • 优先选择名册内机构：避免因程序问题导致鉴定意见被排除，节省诉讼成本；
     
   • 特殊情况处理：若必须委托名册外机构，需提前与法院沟通，提交机构资质、技术标准等材料，争取法院认可；
     
   • 证据固定：无论选择何种机构，均需确保鉴定程序合法（如鉴定材料经质证、鉴定人具备资格），并保留完整证据链。

总结：名册内机构是“安全选项”，但非唯一选择。若涉及复杂技术问题或名册内机构无法胜任，可谨慎选择名册外机构，但需承担更高的举证责任和程序风险。如有具体案件，可进一步向我咨询鉴定机构选择策略。