保密协议中是可以约定知识产权归属的，但具体约定需根据知识产权的类型、产生背景及双方约定来确定其法律效力。以下从不同角度为你详细分析：
一、保密协议约定知识产权归属的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体可以依法设立、变更、终止民事法律关系。保密协议作为民事合同的一种，双方可以在协议中约定知识产权的归属，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。
合同自由原则：
- 合同自由原则是民法的基本原则之一，它允许当事人在不违反法律的前提下，自由约定合同的内容。因此，在保密协议中约定知识产权的归属，是合同自由原则的体现。
二、不同类型知识产权在保密协议中的归属约定
职务发明创造：
- 对于职务发明创造，根据《中华人民共和国专利法》的规定，职务发明创造的专利申请权和专利权通常归属于单位。但是，如果单位与发明人、设计人在保密协议中另有约定的，从其约定。这意味着，在保密协议中，单位可以与发明人、设计人约定职务发明创造的知识产权归属。
非职务发明创造：
- 对于非职务发明创造，其知识产权通常归属于发明人或设计人。然而，在保密协议中，如果双方约定了知识产权的归属，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定也是有效的。例如，双方可以约定在合作期间产生的非职务发明创造的知识产权归属于某一方或双方共有。
著作权：
- 对于著作权，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，著作权通常归属于作者。但是，在保密协议中，如果双方约定了著作权的归属，如约定由某一方享有著作权或双方共有著作权，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定也是具有法律效力的。
三、保密协议约定知识产权归属的注意事项
明确约定：
- 双方在保密协议中应明确约定知识产权的归属，避免使用模糊、歧义的表述。例如，应明确约定是“专利申请权”、“专利权”、“著作权”还是“其他知识产权”的归属。
合法合规：
- 双方在约定知识产权归属时，应确保该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，不能约定将国家所有的知识产权归属于某一方。
考虑实际履行：
- 双方在约定知识产权归属时，应考虑实际履行的可能性。例如，如果约定由某一方享有专利权，但该方没有能力或资源去申请专利，那么该约定可能无法实际履行。
四、法律后果
- 如果保密协议中关于知识产权归属的约定合法有效，那么双方应按照约定履行。如果一方违反约定，另一方可以依据保密协议和相关法律法规追究其违约责任。
- 如果保密协议中关于知识产权归属的约定无效或存在争议，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
总结来说，保密协议中是可以约定知识产权归属的，但具体约定需根据知识产权的类型、产生背景及双方约定来确定其法律效力。在约定时，双方应明确、合法、合规地约定知识产权的归属，并考虑实际履行的可能性。如果你有具体的保密协议或知识产权归属问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。