发现员工飞单是一个严重的问题，它不仅可能损害公司的利益，还可能涉及法律风险。针对这一问题，以下是一些详细且深入的处理建议：
一、立即调查与取证
初步核实：一旦发现员工可能存在飞单行为，应立即进行初步核实，包括查看相关交易记录、客户反馈、员工工作记录等，以确认是否存在飞单事实。
深入调查：如果初步核实存在飞单行为，应进一步深入调查，包括与涉事员工、客户、合作伙伴等进行沟通，收集更多证据，如聊天记录、邮件、合同等。
保护证据：在调查过程中，要确保所有证据的完整性和真实性，避免证据被篡改或销毁。
二、依据公司规章制度处理
查阅规章制度：根据公司内部的规章制度，特别是关于员工行为准则、保密协议、竞业协议等，明确飞单行为的性质和后果。
内部处理：根据规章制度，对涉事员工进行相应的内部处理，如警告、罚款、降职、解雇等。在处理过程中，要确保程序公正、透明，并保留相关记录。
法律追责：如果飞单行为涉及侵犯公司商业秘密、非法集资等违法行为，应立即向公安机关报案，并配合调查，依法追究涉事员工的法律责任。
三、加强内部管理与预防
完善规章制度：针对飞单行为，完善公司内部的规章制度，明确禁止飞单行为，并规定相应的处罚措施。
加强员工培训：定期对员工进行职业道德、法律法规、公司规章制度等方面的培训，提高员工的法律意识和合规意识。
建立监测机制：利用科技手段，如大数据分析、异常交易监测等，建立对员工行为的监测机制，及时发现并制止飞单行为。
强化内部控制：加强公司内部控制，如轮岗制度、对账制度、内审制度等，确保公司业务的合规性和安全性。
四、案例借鉴与警示
案例分析：可以借鉴类似案例，如浙江检察网报道的曹某、吴某侵犯商业秘密罪案件，分析飞单行为的危害性和法律后果，以此警示员工。
宣传教育：通过公司内部宣传、案例分享等方式，提高员工对飞单行为的认识和警惕性，形成良好的合规文化。
五、后续跟进与改进
跟进处理结果：对涉事员工的处理结果进行跟进，确保处理措施得到有效执行。
持续改进：根据处理过程中发现的问题和不足，持续改进公司内部的规章制度和管理流程，提高公司的合规水平和风险防范能力。
综上所述，发现员工飞单行为后，应立即进行调查取证，依据公司规章制度进行处理，并加强内部管理与预防。同时，通过案例借鉴与警示以及后续跟进与改进，不断提高公司的合规水平和风险防范能力。