公司扣押护照的行为一般是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

法律角度

1. 护照的法定性质：

   • 护照是公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件，受到法律的保护。根据《中华人民共和国护照法》的相关规定，任何组织或者个人不得伪造、变造、转让、故意损毁或者非法扣押护照。

2. 公司扣押护照的违法性：

   • 公司作为法人组织，无权扣押员工的护照。这种行为侵犯了员工对护照的合法持有和使用权，违反了上述法律规定。

实际影响角度

1. 对员工权益的侵害：

   • 护照是员工个人财产的一部分，扣押护照限制了员工的自由出行权，可能对其工作、生活造成不便，甚至影响其国际交往和职业发展。

2. 对公司的影响：

   • 公司扣押护照的行为可能引发员工的反感和不满，降低员工的工作积极性和忠诚度。同时，这种行为也可能损害公司的声誉和形象，影响公司的长期发展。

应对措施与建议

1. 员工应对措施：

   • 如果公司扣押了员工的护照，员工有权要求公司立即归还。如果公司拒绝归还，员工可以向当地公安机关报案，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 公司合规建议：

   • 公司应遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益。如果需要员工提供护照等证件进行某些业务操作，应明确告知员工用途，并在使用完毕后及时归还。同时，公司可以建立完善的证件管理制度，确保员工证件的安全和合规使用。

特殊情况说明

• 在某些特殊情况下，如员工涉及违法犯罪活动或存在其他严重违反公司规章制度的行为，公司可能需要配合相关机关进行调查或处理。但即便如此，公司也应通过合法途径获取和使用员工的护照等证件，而不是直接扣押。

综上所述，公司扣押护照的行为一般是不合法的，侵犯了员工的合法权益。如果遇到此类情况，员工应积极维护自己的权益，公司也应遵守相关法律法规，确保合规经营。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。