如果遇到运输假烟检察院不起诉的情况，可以按照以下思路处理：

1. 理解不起诉决定的性质
   检察院作出不起诉决定，通常意味着案件在证据审查、法律适用或情节认定上未达到起诉标准。根据《刑事诉讼法》第177条，不起诉分为法定不起诉（如证据不足、情节显著轻微）、酌定不起诉（犯罪情节轻微，可免予刑罚）和存疑不起诉（证据不足无法证明犯罪）。首先需明确检察院作出的是哪类不起诉决定，这决定了后续的救济途径。

2. 针对不同不起诉类型的应对措施

   • 法定不起诉（如证据不足）：
     若检察院以“证据不足”为由不起诉，可要求检察院出具《不起诉决定书》，并明确是否属于“存疑不起诉”。根据《刑事诉讼法》第180条，被害人（如假烟受害方）可在收到决定书后7日内向上一级检察院申诉，请求提起公诉；若为被告人，则案件终止，但需注意公安机关是否会补充侦查后重新移送起诉。
     
   • 酌定不起诉（如情节轻微）：
     若检察院认为“犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚”，可申请复议或申诉。被告人若认为不起诉决定有误，可向原检察院申诉（《刑事诉讼法》第177条）；被害人则可向上一级检察院申诉，或直接向法院提起自诉（《刑事诉讼法》第180条）。
     
   • 证据不足不起诉的补充侦查风险：
     即使检察院作出不起诉决定，若公安机关认为证据已充分，可补充侦查后重新移送起诉。此时需重新评估证据链完整性，必要时委托律师介入辩护。

3. 行政处罚与刑事责任的衔接
   运输假烟可能同时违反《烟草专卖法》和《刑法》。即使检察院不起诉，烟草专卖行政主管部门仍可能依据《烟草专卖法》第33条作出行政处罚，如没收违法运输的烟草制品、罚款等。需同步关注行政处罚程序，避免刑事责任免除后仍需承担行政责任。

4. 后续法律风险防范

   • 证据固定：若涉及民事赔偿（如假烟导致他人损失），需保留相关证据（如运输合同、假烟鉴定报告等），以便后续通过民事诉讼追责。
     
   • 合规建议：运输行业需严格审核货物来源，避免因疏忽卷入假烟案件。建议建立货物查验制度，留存运输单据，降低法律风险。

行动建议：

1. 立即获取检察院出具的《不起诉决定书》，明确不起诉类型及理由；
   
2. 根据主体身份（被告人/被害人）选择申诉或自诉路径；
   
3. 同步关注烟草专卖行政主管部门的行政处罚程序；
   
4. 咨询专业律师评估证据链完整性及后续法律风险。
   

如有进一步疑问，可直接向我提供案件细节（如不起诉决定书内容、运输假烟的数量及情节等），我将结合具体情形为你分析。