关于培训机构退费时间设定为90天是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体情况和合同条款来综合分析。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 如果培训机构与学员在合同中明确约定了退费时间为90天，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，那么该条款通常是有效的。这意味着，双方都应按照合同约定来履行，学员需要等待90天才能获得退费。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 如果相关法律法规对培训机构的退费时间有明确的强制性规定，比如规定退费时间不得超过某个特定天数，那么培训机构设定的90天退费时间就可能因违反法律法规而无效。
   • 实际情况：目前，并没有普遍适用的法律法规明确规定培训机构的退费时间必须为多少天。因此，这一点的判断需要具体查看当地的消费者权益保护法规或相关政策，以及是否有针对培训行业的特别规定。

3. 公平性和合理性：

   • 即使合同条款和法律法规没有明确限制退费时间，但如果培训机构设定的90天退费时间被认为是不公平或不合理，比如明显长于行业惯例或学员的合理预期，那么该条款可能会因显失公平而被法院或仲裁机构调整或撤销。
   • 判断标准：公平性和合理性的判断通常需要考虑多种因素，如培训服务的性质、学员的支付能力、培训机构的运营成本等。

4. 实际操作中的建议：

   • 与培训机构协商：如果学员对退费时间有异议，首先可以尝试与培训机构进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的退费时间。
   • 寻求消费者协会或相关部门的帮助：如果协商无果，学员可以向当地的消费者协会或相关监管部门投诉，寻求他们的帮助和调解。
   • 考虑法律途径：如果其他途径都无法解决问题，学员还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如向法院提起诉讼或申请仲裁。

总结来说，培训机构退费时间设定为90天是否合法，需要依据合同条款、法律法规的强制性规定以及公平性和合理性等因素来综合判断。如果学员对此有异议，建议首先与培训机构进行协商，并寻求相关部门的帮助和调解。如有需要，也可以直接向我咨询具体的法律问题和解决方案。