结论：两个人共同开垦的荒地，在确权时仅登记在一人名下，这一做法是否正确不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从共同开垦与权属关系角度
如果两人共同开垦荒地时，有明确的约定或协议，比如约定了各自的权利份额、使用期限等，那么在确权时，应当遵循这些约定或协议。若确权时仅登记在一人名下，而忽略了另一方的权益，这显然是不正确的，侵犯了另一方的合法权益。
如果两人共同开垦荒地时，没有明确的约定或协议，那么根据一般的法律原则，共同开垦的荒地可能被视为两人共有。在这种情况下，确权时应当考虑两人的共有权益，不能仅登记在一人名下。
二、从土地管理法规角度
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村土地（包括荒地）的权属应当明确，并依法进行登记。在确权过程中，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保土地权属的准确性和合法性。
- 如果荒地属于集体所有：那么确权时应当考虑集体的权益，以及共同开垦者的贡献。在集体同意的情况下，可以按照贡献大小或其他合理方式分配土地权益，并进行确权登记。但无论如何，都不能忽视另一方的合法权益，仅登记在一人名下。
- 如果荒地通过合法程序被个人承包或使用：在承包或使用期间，如果另一方也参与了开垦和管理，那么其也可能享有一定的权益。在确权时，应当考虑这些因素，确保权益的公平分配。
三、从实际耕种与权益关系角度
虽然其中一人耕种了二十年，但这并不意味着他就拥有了荒地的全部权益。耕种行为本身并不直接决定土地的权属，而是需要考虑开垦、管理、投入等多方面的因素。
- 如果耕种者能够证明其独自承担了开垦、管理、投入等全部费用：并且在共同开垦时没有约定另一方享有权益，那么在确权时可能会倾向于登记在耕种者名下。但即便如此，也需要考虑另一方是否曾提出过权益主张，以及是否有其他证据表明另一方也享有权益。
- 如果耕种者无法证明其独自承担了全部费用：或者另一方能够证明其也参与了开垦、管理、投入等行为，那么在确权时就不能仅登记在耕种者名下，而应当考虑两人的共有权益。
四、建议与措施
- 收集证据：双方应当收集与荒地开垦、管理、投入等相关的证据，如照片、视频、证人证言、书面协议等，以证明各自的权益。
- 协商解决：在收集证据的基础上，双方可以尝试通过协商的方式解决权属争议，达成一致意见后进行确权登记。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，双方可以寻求法律帮助，通过法律途径解决权属争议。在此过程中，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，农村土地权属问题涉及复杂的法律关系和利益纠葛，建议双方在处理此类问题时保持冷静、理性，通过合法途径解决争议。如果你还有其他关于农村土地或宅基地的问题，可以直接向我咨询。