对于作案工具车的处理，通常需根据其性质、用途及法律规定，分情况处理，具体如下：

1. 刑事案件中的处理
   若车辆被认定为作案工具（如用于运输毒品、盗窃财物等），根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，司法机关会依法予以没收，上缴国库。没收程序通常在案件判决生效后执行，车辆所有权会转移至国家，原车主无法主张返还或赔偿。
   例外情形：若车辆为他人合法所有（如租借、被盗车辆），且车主对犯罪行为不知情，可向司法机关提出异议，提供购车合同、租赁协议等证据，主张返还车辆。

2. 行政案件中的处理
   若车辆涉及违反治安管理（如非法营运、改装等），公安机关可能根据《中华人民共和国治安管理处罚法》暂扣车辆，并处以罚款。车主需在规定期限内接受处罚（如缴纳罚款、整改），方可取回车辆。若逾期未处理，车辆可能被依法拍卖或销毁。

3. 民事纠纷中的处理
   若车辆因民事纠纷被扣押（如债务纠纷、侵权赔偿），需通过法院诉讼或调解解决。债权人可申请财产保全，但需提供担保并符合法定条件。车辆最终处理需以法院判决或调解协议为准，可能涉及拍卖、折价赔偿等。

4. 特殊情形处理

   • 车辆与犯罪无关：若车辆被误扣或与案件无关，车主可向办案机关提出书面异议，要求返还车辆，并可申请国家赔偿（若因扣押造成损失）。
     
   • 车辆涉及多重法律关系：如车辆既为作案工具，又存在抵押、租赁等民事关系，需优先处理刑事部分，再依据民事法律关系解决剩余问题。

建议：若您的车辆被扣押或涉及法律纠纷，请尽快整理购车凭证、使用记录等证据，明确车辆性质及自身权利，及时与办案机关沟通。如有疑问，可直接向我咨询具体法律程序及应对策略。