结论：工程变更是否适用于所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的百分之十，这一说法并非绝对，而是取决于具体的合同类型、行业规范以及相关法律法规的适用情况。以下从不同角度进行详细分析：
一、政府采购领域
法规依据：
- 根据《政府采购法实施条例》第六十七条的规定，在政府采购合同履行中，追加与合同标的相同的货物、工程或者服务的采购金额超过原合同采购金额10%的，将受到财政部门的责令改正、警告等处罚。
适用范围：
- 该规定主要适用于各级国家机关、事业单位和团体组织使用财政性资金进行的采购活动。
- 目的在于防止采购人通过签订补充合同规避政府采购的法定程序，确保政府采购的公平、公正和公开原则。
特殊情形：
- 如果补充合同的内容并非追加与原合同标的相同的内容，或者不属于政府采购合同，则通常不适用这一10%的限制。
二、普通商业合同领域
合同自由原则：
- 在普通商业合同中，补充合同的内容、范围和金额主要由合同双方协商确定，并需遵守相关法律法规，但没有统一的强制性规定要求补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的百分之十。
合同约定优先：
- 合同双方可以在原合同中或通过补充协议明确约定工程变更的限额、调整机制以及超限后的处理方式。这种约定只要不违反法律法规的强制性规定，即具有法律效力。
实际操作建议：
- 在处理普通商业合同中的工程变更时，建议合同双方仔细审查原合同的条款，并咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。
- 双方应充分协商并明确补充合同的内容、范围和金额，以避免后续纠纷。
三、建设工程领域的特殊规范
工程变更管理：
- 在建设工程领域，工程变更的管理通常更为严格。一些招标文件、施工合同示范文本或地方性法规可能规定工程变更的限额或审批流程。
- 例如，某些合同可能规定单项变更或累计变更金额超过合同总价的10%时，需重新协商合同条款或启动更严格的审批流程。
计算方式：
- 工程变更金额的计算通常以合同总价为基准，按累计变更金额与合同总价的比例来确定是否超限。
- 计算公式：\(累计变更金额占比 = \frac{累计变更金额}{合同总价} \times 100\%\)
- 当累计变更金额占比超过约定比例（如10%）时，即触发超限处理机制。
超限后的处理：
- 超限后，合同双方应根据约定或法律法规的规定，重新协商合同条款、调整价格或工期，并签订补充协议以明确双方的权利和义务。
四、综合建议
明确合同条款：
- 在签订合同时，应尽可能明确工程变更的限额、调整机制以及超限后的处理方式，以减少后续纠纷的可能性。
加强沟通与协商：
- 在合同履行过程中，如发生工程变更，双方应及时沟通并协商解决方案，确保工程的顺利进行。
寻求专业法律意见：
- 如遇复杂的工程变更问题或争议无法解决时，建议及时寻求专业法律意见以维护自身合法权益。
总结：工程变更是否适用于所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的百分之十，取决于具体的合同类型、行业规范以及相关法律法规的适用情况。在政府采购领域，这一限制是明确的；而在普通商业合同领域，则主要由合同双方协商确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。