结论：村委会把工程承包给自然人，您这边开票是否算虚开，这取决于具体的交易情况和开票行为是否符合税法规定。以下从不同角度为您详细分析：
虚开发票的定义与构成要件：
- 虚开发票通常指的是在没有真实交易或交易内容与发票内容不符的情况下，开具发票的行为。这包括为他人、为自己、让他人为自己或者介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
- 若您与村委会之间存在真实的工程承包交易，且开票内容与实际交易相符，那么您的开票行为就不构成虚开。
自然人承包工程的合法性：
- 自然人作为承包方承接工程，在法律上并非绝对禁止，但需满足一定条件，如具备相应的施工资质（若工程要求）、遵守相关法律法规等。
- 若自然人承包工程合法，且您作为开票方与村委会之间存在真实的交易关系，那么您的开票行为就是合法的。
开票行为的合规性：
- 您在开票时，应确保发票内容真实、准确，与实际交易相符，包括工程名称、金额、税率等关键信息。
- 同时，您应遵守税法规定，按照规定的税率和计税方式计算并缴纳税款，避免偷税、漏税等违法行为。
可能面临的法律风险：
- 若您的开票行为被认定为虚开，您可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，若虚开发票行为构成犯罪，您还可能面临刑事责任的追究。
法律建议：
- 在开票前，务必确认与村委会之间的交易是否真实存在，且开票内容与实际交易相符。
- 遵守税法规定，按照规定的税率和计税方式计算并缴纳税款。
- 若对开票行为存在疑问或不确定，建议咨询专业税务人员或律师，以确保开票行为的合法性和合规性。
后续行动建议：
- 若您已经开具了发票，但担心其合法性，可以回顾交易过程和开票内容，确保一切合规。
- 若发现任何可能的问题或违规行为，应立即采取措施进行纠正，如补缴税款、更正发票等。
- 如有需要，可以向税务机关咨询或寻求法律帮助，以进一步确认开票行为的合法性并降低法律风险。
总之，村委会把工程承包给自然人，您这边开票是否算虚开，取决于具体的交易情况和开票行为是否符合税法规定。为确保合法合规，建议您在开票前仔细审查交易情况和开票内容，并在必要时咨询专业税务人员或律师。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。