结论：采购人是否有权否决注册资金2万元的公司竞标46万的项目，需结合具体招标文件要求、相关法律法规及项目性质综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、从招标文件要求的角度
若招标文件明确规定注册资金门槛：
- 若招标文件中明确要求投标人的注册资金需达到一定数额（如不低于46万元或特定比例），则注册资金仅为2万元的公司因不满足该实质性条件，采购人有权依据招标文件的规定否决其投标。
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招标文件是招标活动的核心依据，投标人必须满足招标文件提出的实质性条件和要求。
若招标文件未规定注册资金门槛：
- 若招标文件未对注册资金作出明确要求，则注册资金数额本身不应成为采购人否决投标的理由。此时，采购人应更关注投标人的其他资质、能力、经验及报价等综合因素。
二、从相关法律法规的角度
平等竞争原则：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的规定，招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。采购人不得以不合理的条件限制、排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。
- 若采购人仅因注册资金数额较低而否决投标，且该要求并非招标文件明确规定的实质性条件，则可能构成对平等竞争原则的违反。
资质审查与能力评估：
- 采购人在评标过程中，应对投标人的资质、能力、经验等进行全面审查。注册资金虽能在一定程度上反映企业的经济实力，但并非评估企业能力的唯一标准。
- 若注册资金2万元的公司能够证明其具备完成项目的能力、经验及资源，且报价合理，则采购人应给予其公平竞争的机会。
三、从项目性质的角度
项目规模与风险：
- 对于规模较大、风险较高的项目，采购人可能更倾向于选择注册资金雄厚、经济实力较强的企业作为合作伙伴，以降低项目风险。
- 然而，这并不意味着注册资金较低的企业就无法承担此类项目。采购人应结合项目的具体需求、投标人的综合实力及报价等因素进行综合评估。
行业惯例与特殊要求：
- 某些行业或项目可能存在特殊的资质要求或行业惯例，如特定领域的认证、许可或经验要求等。若注册资金与这些特殊要求无直接关联，则采购人不得仅因注册资金数额而否决投标。
四、法律建议
对于采购人：
- 在编制招标文件时，应明确、合理地设置投标人的资质条件，避免设置不合理的门槛限制竞争。
- 在评标过程中，应遵循公平、公正的原则，对投标人的综合实力进行全面评估，确保选择到最合适的合作伙伴。
对于投标人：
- 在参与投标前，应仔细阅读招标文件，了解招标项目的具体要求及评标标准。
- 若认为采购人的否决决定存在不合理或违法行为，可依法提出异议或投诉，维护自身合法权益。
总结：采购人是否有权否决注册资金2万元的公司竞标46万的项目，需根据招标文件的具体要求、相关法律法规及项目性质综合判断。若招标文件未明确规定注册资金门槛，且投标人能够证明其具备完成项目的能力、经验及资源，则采购人不得仅因注册资金数额而否决其投标。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。