不一定，是否需要修改合同金额取决于扣款的具体原因和合同中的相关约定。以下从不同角度进行分析：
合同中有明确约定扣款情形及金额调整方式的
如果合同中已经明确约定了扣款的具体情形（如质量不合格、延迟交货等）以及扣款后合同金额如何调整（如直接扣减、按比例调整等），那么在发生符合约定的扣款情形时，应当按照合同约定来修改合同金额。这种情况下，双方应依据合同条款执行，确保合同的履行符合双方的预期和约定。
合同中没有明确约定扣款情形及金额调整方式的
如果合同中没有明确约定扣款的具体情形或金额调整方式，那么在发生扣款时，双方需要协商确定是否修改合同金额以及如何修改。协商过程中，应充分考虑扣款的原因、责任归属、对双方利益的影响等因素，以达成公平合理的解决方案。如果协商不成，可能需要通过法律途径解决争议。
扣款是由于一方违约导致的
如果扣款是由于一方违约（如未按时付款、未提供符合约定的服务或产品等）导致的，那么违约方可能需要承担违约责任，包括支付违约金或赔偿损失等。在这种情况下，合同金额是否需要修改取决于违约责任的承担方式和合同的具体约定。如果违约责任已经通过支付违约金或赔偿损失等方式得到弥补，且双方同意继续履行合同，那么合同金额可能不需要修改；如果违约责任导致合同无法继续履行或需要调整合同内容，那么合同金额可能需要相应修改。
扣款是出于其他合理原因（如政策调整、市场变化等）
如果扣款是出于其他合理原因（如政策调整导致税费变化、市场变化导致成本上升等），且这些原因并非由任何一方违约导致，那么双方也需要根据实际情况协商是否修改合同金额。在协商过程中，应充分考虑各种因素对合同履行的影响，以达成互利共赢的解决方案。