针对您提出的“修高速公路侵害了农民耕地利益且违反了公路边界规定，该到哪个部门投诉或起诉”的问题，以下是我的详细解答：
投诉途径：
- 当地自然资源部门：由于修高速公路可能涉及土地使用和规划问题，如果侵害了农民的耕地利益，首先可以向当地的自然资源部门（原国土资源部门）进行投诉。他们负责土地资源的规划、管理和监督，有权对违法用地行为进行查处。
- 农业农村部门：如果侵害行为直接影响了农民的农业生产，也可以向当地的农业农村部门反映情况。他们负责农业生产的指导和监督，可以协助农民维护其合法权益。
- 交通运输部门：作为高速公路的建设和管理部门，交通运输部门也有责任确保建设活动符合相关规定，不侵害农民利益。如果认为建设活动违反了公路边界规定，可以向他们提出投诉。
起诉途径：
- 行政诉讼：如果投诉后问题未得到解决，或者认为相关部门的处理不当，农民可以向人民法院提起行政诉讼，要求法院判决相关部门履行职责或撤销违法行政行为。
- 民事诉讼：如果侵害行为直接导致了农民的经济损失，如耕地被占用、农作物被毁坏等，农民还可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权方（如高速公路建设单位）赔偿损失。
法律建议：
- 收集证据：在投诉或起诉前，务必收集好相关证据，如土地权属证明、侵害现场的照片或视频、相关部门的处理意见等。这些证据将有助于证明您的权益受到了侵害。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但具体案件的处理还需要根据实际情况进行。因此，建议您在投诉或起诉前咨询专业律师，以便更准确地了解您的权益和可行的法律途径。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。
- 关注时效：请注意，投诉和起诉都有一定的时效限制。因此，在发现权益受到侵害后，应尽快采取行动，以免错过最佳的维权时机。
总结来说，如果修高速公路侵害了农民的耕地利益且违反了公路边界规定，农民可以通过向当地自然资源部门、农业农村部门或交通运输部门投诉来寻求行政救济；如果问题未得到解决或认为处理不当，还可以向人民法院提起行政诉讼或民事诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，务必收集好相关证据并咨询专业律师的意见。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。